---
title: "Menggolongkan Dunia Hidup"
book: "Biologi Universitas — Tahun 1"
subject: biology
language: id
chapter: 29
exercises: 12
source: https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/29-menggolongkan-dunia-hidup
---

# Bab 29 — Menggolongkan Dunia Hidup

Sekitar $2$ juta [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) telah dinamai, dan tiap tahun sekitar $18\,000$ ditambahkan; cacah yang ada ditaksir mendekati $9$ juta bagi eukariotnya saja, dan tak ada yang tahu berapa banyak bakterinya. Sebuah nama hanyalah permulaan: seorang ahli biologi ingin tahu [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) mana yang paling dekat dengan mana, dan jawabannya adalah sebuah pohon, sebab [spesiesnya](#def-b1-classifying-biodiversity-species) berkerabat lewat keturunan. Bab ini memberikan aturan penamaan, cara hubungannya disimpulkan dari cirinya — serta kriterianya, yaitu [parsimoni](#def-b1-classifying-biodiversity-parsimony), yang dengannya pohon yang bersaing dinilai — bentuk pohon kehidupan sebagaimana ia dipahami sekarang, dan keadaan inventaris apa yang hidup.

## 29.1 Spesies dan nama

**Definisi 29.1 (Spesies).**

Yang disebut *spesies*, menurut *konsep spesies biologi*, adalah sekelompok [populasi](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/25-populasi-dan-demografi#def-b1-populations-population) yang anggotanya dapat berbiak silang lalu menghasilkan anak yang subur dan terasing secara pembiakan dari kelompok semacam itu yang lain. Konsepnya tak dapat diterapkan pada [organisme](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/1-organisme-sistem-yang-berinteraksi-dengan-lingkungannya#def-b1-organism-environment-organism) yang tidak berbiak secara seksual (sebagian besar bakteri, banyak protista dan sebagian tumbuhan serta hewan), pada fosil, atau pada [populasi](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/25-populasi-dan-demografi#def-b1-populations-population) yang tak pernah bertemu; di situ sebuah spesies dikenali dari morfologinya (konsep *morfologi*), dari garis keturunannya yang khas pada sebuah pohon (konsep *[filogeni](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics)*), atau dari sebuah ambang penyimpangan genetik. Seluruh konsepnya mencoba menamai hal yang sama: sebuah garis keturunan yang berevolusi terpisah dari yang lain.

**Definisi 29.2 (Tata nama dan peringkat).**

Tiap [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) memiliki sebuah nama *binomial*: nama *genus*nya (berhuruf besar) diikuti sebuah julukan khas, keduanya dalam huruf miring — *Homo sapiens*, *Quercus robur*, *Escherichia coli* — sering diikuti penulis dan tahun pemeriannya. Sistemnya, yang ditetapkan Linnaeus pada 1753 (tumbuhan) dan 1758 (hewan), menyarangkan [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) dalam sebuah hierarki *peringkat*: genus, famili, ordo, kelas, filum (atau divisi), kerajaan, domain. Sebuah kelompok pada peringkat mana pun adalah sebuah *takson*. Tiap namanya terpaut pada sebuah *spesimen tipe*, yang disimpan dalam sebuah museum atau herbarium, yang menetapkan apa yang diacu namanya; nama sah yang tertua memiliki keutamaan; dan aturannya dibakukan sehingga satu [organisme](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/1-organisme-sistem-yang-berinteraksi-dengan-lingkungannya#def-b1-organism-environment-organism) memiliki satu nama di seluruh dunia. Peringkatnya adalah kelaziman — tak ada sifat yang dimiliki tiap famili dan tak dimiliki sebuah genus; hanya [spesiesnya](#def-b1-classifying-biodiversity-species) yang merupakan satuan alami.

![Peringkat bersarang hierarki Linnaeus, bagi kucing dan serigalanya. Tiap kotaknya adalah sebuah takson; binomialnya menamai genus dan spesiesnya.](https://one-course.com/images/onecourse/chapters/biology-3/b1-classifying-biodiversity/fig-c8659421f134.svg)

*Peringkat bersarang hierarki Linnaeus, bagi kucing dan serigalanya. Tiap kotaknya adalah sebuah [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature); binomialnya menamai [genus](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) dan [spesiesnya](#def-b1-classifying-biodiversity-species).*

![Carl Linnaeus (1707–1778), yang Species Plantarum-nya pada 1753 dan edisi kesepuluh Systema Naturae-nya pada 1758 menjadi titik awal tata nama botani dan zoologi. Potret oleh Alexander Roslin, 1775.](https://one-course.com/images/onecourse/chapters/biology-3/b1-classifying-biodiversity/img-d9976cddf809.jpg)

*Carl Linnaeus (1707–1778), yang *Species Plantarum*-nya pada 1753 dan edisi kesepuluh *Systema Naturae*-nya pada 1758 menjadi titik awal tata nama botani dan zoologi. Potret oleh Alexander Roslin, 1775.*

![Sebuah lembar herbarium: sebuah spesimen yang dipres dan diberi label, semacam yang menjadi tipe sebuah nama tumbuhan dan sebagai bukti tetap tempat dan waktu spesiesnya ditemukan.](https://one-course.com/images/onecourse/chapters/biology-3/b1-classifying-biodiversity/img-ecca8058376c.jpg)

*Sebuah lembar herbarium: sebuah spesimen yang dipres dan diberi label, semacam yang menjadi tipe sebuah nama tumbuhan dan sebagai bukti tetap tempat dan waktu [spesiesnya](#def-b1-classifying-biodiversity-species) ditemukan.*

## 29.2 Menyusun ulang hubungannya

**Definisi 29.3 (Sistematika, filogeni, kladistika).**

Yang disebut *sistematika* adalah kajian keanekaragaman [organisme](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/1-organisme-sistem-yang-berinteraksi-dengan-lingkungannya#def-b1-organism-environment-organism) dan hubungan di antaranya; sebuah *filogeni* adalah pohon hubungan itu, yaitu sebuah hipotesis tentang urutan garis keturunannya terbelah. *Fenetika* mengelompokkan [organisme](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/1-organisme-sistem-yang-berinteraksi-dengan-lingkungannya#def-b1-organism-environment-organism) menurut kemiripan keseluruhannya, dengan menghitung seluruh cirinya sama rata; *kladistika* mengelompokkannya hanya menurut ciri turunan yang dikongsi, sehingga tiap kelompoknya adalah sebuah *klade* — seorang moyang dan seluruh keturunannya. Penggolongan modern bertujuan membuat tiap [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) yang dinamai sebuah klade.

**Definisi 29.4 (Ciri: homologi, homoplasi, polaritas).**

Yang disebut *ciri* adalah tiap sifat terwaris dengan dua *keadaan* atau lebih (tungkai hadir atau tidak; sebuah basa tertentu dalam sebuah [gen](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/17-genom-sel-dan-virus#def-b1-genomes-gene) A, C, G atau T). Ciri dua [organisme](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/1-organisme-sistem-yang-berinteraksi-dengan-lingkungannya#def-b1-organism-environment-organism) bersifat *homolog* ketika terwaris dari seorang moyang bersama, *homoplastik* ketika mirip lewat pemusatan atau pembalikan (sayap burung dan kelelawar; tubuh ramping lumba-lumba dan hiu). Sebuah keadaan ciri bersifat *moyang* (plesiomorfik) bila hadir pada moyang kelompoknya, *turunan* (apomorfik) bila ia muncul di dalam kelompoknya; keadaan turunan yang dikongsi sebuah [klade](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics), yaitu *sinapomorfi*nya, adalah satu-satunya bukti baginya. Polaritasnya ditentukan lewat perbandingan dengan sebuah *kelompok luar*, yaitu sebuah [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) yang diketahui terletak di luar kelompok yang dikaji: keadaan yang diperlihatkannya diambil sebagai keadaan moyangnya.

**Definisi 29.5 (Monofili, parafili, polifili).**

Sebuah kelompok bersifat *monofiletik* (sebuah [klade](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics)) bila ia memuat seorang moyang dan seluruh keturunannya; *parafiletik* bila ia memuat seorang moyang dan hanya sebagian keturunannya (“reptilia”, yang mengecualikan burung yang menurun darinya; “ikan”, yang mengecualikan tetrapodanya; “invertebrata”); *polifiletik* bila ia mengelompokkan keturunan moyang yang berbeda lewat sebuah ciri yang memusat (“hewan berdarah panas”, burung dan mamalia; “alga”). Kelompok parafiletik berguna sebagai perian jenjang penataan tetapi bukanlah [klade](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics) dan tak lagi diberi nama resmi.

![Sebuah kladogram delapan vertebrata dengan sinapomorfinya ditandai pada cabangnya. Klade bersifat monofiletik; “ikan” dan “reptilia” adalah jenjang parafiletik; “hewan berdarah panas” adalah pengelompokan polifiletik lewat sebuah ciri yang memusat.](https://one-course.com/images/onecourse/chapters/biology-3/b1-classifying-biodiversity/fig-156fbb488e7a.svg)

*Sebuah kladogram delapan vertebrata dengan [sinapomorfinya](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) ditandai pada cabangnya. [Klade](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics) bersifat monofiletik; “ikan” dan “reptilia” adalah jenjang parafiletik; “hewan berdarah panas” adalah pengelompokan polifiletik lewat sebuah ciri yang memusat.*

**Definisi 29.6 (Parsimoni).**

Di antara seluruh pohon yang dapat menghubungkan seperangkat [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature), yang *paling parsimonius* adalah yang menuntut paling sedikit perubahan evolusi keadaan cirinya — *panjang pohon* yang terkecil, yaitu jumlah pada seluruh cirinya dari cacah minimum perubahan yang diperlukan masing-masing pada pohon itu. Sebuah ciri yang paskan dengan pohonnya lewat satu perubahan sesuai dengannya; yang memerlukan dua atau lebih adalah sebuah [homoplasi](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) pada pohon itu. Parsimoni bukanlah klaim bahwa evolusi itu hemat; ia adalah aturan bahwa sebuah hipotesis tidak boleh melipatgandakan pemusatan melampaui apa yang dipaksakan datanya.

**Metode 29.7 (Membangun sebuah kladogram dari sebuah matriks ciri).**

1. Pilihlah [taksonnya](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) dan sebuah [kelompok luar](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) ; daftarkan cirinya beserta keadaannya, dengan menyandikan keadaan [kelompok luarnya](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) 0 (moyang) dan keadaan turunannya 1.
2. Kelompokkan [taksonnya](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) menurut keadaan turunan yang dikongsi, mulai dari ciri yang dikongsi paling banyak [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) ( [klade](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics) terdalamnya) lalu menyarang ke dalam; tiap 1 yang dikongsi seperangkat [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) adalah sebuah calon [sinapomorfi](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) bagi perangkat itu.
3. Tempat cirinya berselisih (dua pengelompokan tak dapat keduanya menjadi [klade](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics) ), gambarlah tiap pohon alternatifnya lalu hitunglah panjangnya: bagi tiap cirinya, perubahan tersedikit yang menempatkan keadaannya pada pohonnya.
4. Peganglah pohon terpendeknya; ciri yang memerlukan perubahan tambahan padanya adalah [homoplasinya](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) . Bila dua pohon seri, datanya tidak memutuskan dan lebih banyak ciri dibutuhkan.
5. Bacalah pohonnya: namailah [kladenya](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics) , catatlah kelompok tradisional mana yang parafiletik, lalu periksalah bahwa ia sesuai dengan data bebas (urutan molekul, fosil).

**Contoh 29.8 (Dua pohon, yang dihitung).**

Empat [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature): kadal, burung, mamalia, katak ([kelompok luar](#def-b1-classifying-biodiversity-characters)). Cirinya: telur amniotik (kadal, burung, mamalia: 1), tengkorak diapsid (kadal, burung), endotermi (burung, mamalia). Pohon A, (kadal, burung) lalu mamalia: telurnya 1 perubahan, tengkoraknya 1, endoterminya 2 (muncul dua kali) — panjangnya 4. Pohon B, (burung, mamalia) lalu kadal: telurnya 1, endoterminya 1, tengkoraknya 2 — panjangnya 4. Sebuah seri; tambahkan bulu pada sisik kakinya dan sisik [epidermisnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/3-organisasi-fungsional-sebuah-tumbuhan-berbunga#def-b1-flowering-plant-organization-tissues) (kadal, burung): pohon A panjangnya 5, pohon B panjangnya 6. Pohon A lebih disukai, dan endoterminya adalah sebuah [homoplasi](#def-b1-classifying-biodiversity-characters): ia berevolusi dua kali.

![Parsimoni memutuskan antara dua pohon dengan menghitung perubahan yang dituntut masing-masing. Pohon A memerlukan satu homoplasi (endotermi yang muncul dua kali); pohon B memerlukan dua; pohon A dipegang.](https://one-course.com/images/onecourse/chapters/biology-3/b1-classifying-biodiversity/fig-d937fdf0aa2e.svg)

*[Parsimoni](#def-b1-classifying-biodiversity-parsimony) memutuskan antara dua pohon dengan menghitung perubahan yang dituntut masing-masing. Pohon A memerlukan satu [homoplasi](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) (endotermi yang muncul dua kali); pohon B memerlukan dua; pohon A dipegang.*

**Catatan 29.9 (Ciri molekul).**

Sebuah urutan [gen](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/17-genom-sel-dan-virus#def-b1-genomes-gene) memasok ratusan ciri sekaligus, tiap tapaknya sebuah ciri dengan empat keadaan, yang dapat dibandingkan pada [organisme](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/1-organisme-sistem-yang-berinteraksi-dengan-lingkungannya#def-b1-organism-environment-organism) yang tidak berbagi sifat kasatmata mana pun — sebuah bakteri dan sebatang pohon ek. Urutannya disejajarkan, tapak homolognya dibandingkan, dan pohonnya dibangun lewat [parsimoni](#def-b1-classifying-biodiversity-parsimony) atau lewat cara statistik yang memodelkan laju penggantiannya; jam molekulnya, yaitu laju perbedaan netralnya bertimbun, memberi tarikh belahannya. Caranya, dan jebakan cabang panjang serta laju yang tak setara, dibahas dalam jilid Tahun ke-2.

## 29.3 Pohon kehidupan

**Proposisi 29.10 (Tiga domain).**

Kehidupan terbagi menjadi tiga domain, yaitu *Bacteria*, *Archaea* dan *Eukarya*. Keduanya, yaitu Bacteria dan Archaea, sama-sama prokariot dalam penataan [selnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/5-sel-satuan-kehidupan#def-b1-cell-unit-of-life-cell) ([Bab 5](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/5-sel-satuan-kehidupan#ch-b1-cell-unit-of-life)) tetapi berbeda dalam [lipid](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/9-lipid#def-b1-lipids-fattyacid) membran, [dinding sel](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/10-karbohidrat#prop-b1-carbohydrates-wall), [RNA polimerase](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/19-pengungkapan-gen-transkripsi-dan-translasi#def-b1-gene-expression-transcription) dan [ribosomnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/19-pengungkapan-gen-transkripsi-dan-translasi#def-b1-gene-expression-ribosome); mesin transkripsi dan translasi Archaea lebih dekat pada mesin eukariotnya daripada pada mesin bakterinya, dan [sel eukariotnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/5-sel-satuan-kehidupan#def-b1-cell-unit-of-life-prokeuk) muncul dari sebuah garis keturunan arkea yang memperoleh sebuah bakteri sebagai [mitokondrianya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/6-organisasi-fungsional-sel-eukariot#def-b1-eukaryotic-cell-mitochondrion) ([Bab 6](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/6-organisasi-fungsional-sel-eukariot#ch-b1-eukaryotic-cell)). Di dalam Eukarya kerajaan lamanya — hewan, tumbuhan, jamur dan sebuah sisa “protista” — diganti segelintir garis keturunan utama, yang hewan, jamur dan tumbuhan daratnya adalah tiga ranting kecil, dan “protista”nya sebuah kumpulan parafiletik segala yang lain.

**Bukti.** Woese dan Fox (1977) membandingkan urutan [RNA ribosom](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/11-nukleotida-dan-asam-nukleat#def-b1-nucleic-acids-rnas) subunit kecilnya — sebuah molekul yang dimiliki tiap [sel](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/5-sel-satuan-kehidupan#def-b1-cell-unit-of-life-cell), yang berfungsi sama dan dapat disejajarkan pada seluruh kehidupan — di antara bakteri, metanogen dan eukariotnya, lalu menemukan bahwa metanogennya berbeda dari bakteri yang lain sebanyak keduanya berbeda dari eukariotnya. Prokariotnya adalah dua kelompok, bukan satu; pohon yang digambar dari satu [gen](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/17-genom-sel-dan-virus#def-b1-genomes-gene) ini telah disahkan oleh [genom](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/17-genom-sel-dan-virus#def-b1-genomes-genome) utuh dan oleh biokimia Archaea yang khas ([lipid](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/9-lipid#def-b1-lipids-fattyacid) berpaut eter, tanpa [peptidoglikan](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/10-karbohidrat#def-b1-carbohydrates-polysaccharide)). ∎

![Ketiga domainnya, dari RNA ribosomnya. Archaea adalah kerabat yang lebih dekat dengan eukariotnya, dan sel eukariotnya adalah sebuah peleburan: sebuah inang arkea dengan sebuah mitokondria bakteri (dan, pada tumbuhan serta alga, sebuah sekutu bakteri kedua, yaitu kloroplasnya).](https://one-course.com/images/onecourse/chapters/biology-3/b1-classifying-biodiversity/fig-69d2189d20f3.svg)

*Ketiga domainnya, dari [RNA ribosomnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/11-nukleotida-dan-asam-nukleat#def-b1-nucleic-acids-rnas). Archaea adalah kerabat yang lebih dekat dengan eukariotnya, dan [sel eukariotnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/5-sel-satuan-kehidupan#def-b1-cell-unit-of-life-prokeuk) adalah sebuah peleburan: sebuah inang arkea dengan sebuah [mitokondria](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/6-organisasi-fungsional-sel-eukariot#def-b1-eukaryotic-cell-mitochondrion) bakteri (dan, pada tumbuhan serta alga, sebuah sekutu bakteri kedua, yaitu kloroplasnya).*

![Carl Woese (1928–2012), di depan sebuah pohon RNA ribosom bakteri. Perbandingannya atas satu molekul ini pada seluruh kehidupan menyingkapkan Archaea lalu memberi pohon kehidupan ketiga domainnya.](https://one-course.com/images/onecourse/chapters/biology-3/b1-classifying-biodiversity/img-ba0f0421f489.jpg)

*Carl Woese (1928–2012), di depan sebuah pohon [RNA ribosom](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/11-nukleotida-dan-asam-nukleat#def-b1-nucleic-acids-rnas) bakteri. Perbandingannya atas satu molekul ini pada seluruh kehidupan menyingkapkan Archaea lalu memberi pohon kehidupan ketiga domainnya.*

**Proposisi 29.11 (Garis keturunan eukariot yang utama).**

Eukariotnya jatuh ke dalam beberapa kelompok besar: *opistokonta* (hewan, jamur dan kerabat bersel tunggalnya, yang [selnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/5-sel-satuan-kehidupan#def-b1-cell-unit-of-life-cell) berenang dengan satu flagelum belakang); *Archaeplastida* (tumbuhan darat, alga hijau dan merah, dengan kloroplas primernya); *Amoebozoa*; *Excavata* (flagelata seperti *Trypanosoma* dan *Euglena*); kelompok *SAR* (stramenopil seperti diatom dan alga cokelat; alveolata seperti siliata, dinoflagelata dan [parasit](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/27-interaksi-antarspesies#def-b1-species-interactions-symbiosis) malarianya; rhizaria seperti foraminifera dan radiolaria). Karena itu hewan dan jamur lebih dekat satu sama lain daripada masing-masing dengan tumbuhan; “alga” tersebar pada empat kelompok; dan mayoritas mikroskopis keanekaragaman eukariotnya terletak di luar ketiga kerajaan yang bernama umum.

![Dua di antara garis keturunan eukariot yang tak bernama umum, dalam lempeng Ernst Haeckel pada 1904: diatom (stramenopil, dalam cangkang silika) dan radiolaria (rhizaria, dalam rangka silika). Tiap kelompoknya memuat puluhan ribu spesies.](https://one-course.com/images/onecourse/chapters/biology-3/b1-classifying-biodiversity/img-fb21d61a4946.jpg)

![Dua di antara garis keturunan eukariot yang tak bernama umum, dalam lempeng Ernst Haeckel pada 1904: diatom (stramenopil, dalam cangkang silika) dan radiolaria (rhizaria, dalam rangka silika). Tiap kelompoknya memuat puluhan ribu spesies.](https://one-course.com/images/onecourse/chapters/biology-3/b1-classifying-biodiversity/img-95955ec1b438.jpg)

*Dua di antara garis keturunan eukariot yang tak bernama umum, dalam lempeng Ernst Haeckel pada 1904: diatom (stramenopil, dalam cangkang silika) dan radiolaria (rhizaria, dalam rangka silika). Tiap kelompoknya memuat puluhan ribu [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species).*

## 29.4 Inventaris kehidupan

**Definisi 29.12 (Keanekaragaman hayati).**

Yang disebut *keanekaragaman hayati* adalah keragaman kehidupan pada tiap arasnya: keanekaragaman genetik di dalam [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species), cacah dan kelimpahan [spesiesnya](#def-b1-classifying-biodiversity-species), serta keragaman [komunitas](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/26-ekosistem-dan-struktur-trofik#def-b1-ecosystem-organization-ecosystem) dan [ekosistemnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/26-ekosistem-dan-struktur-trofik#def-b1-ecosystem-organization-ecosystem). Inventarisnya belum selesai: sekitar $2$ juta [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) telah diperikan, yang sejuta di antaranya serangga, $380\,000$ tumbuhan, $150\,000$ jamur, $70\,000$ vertebrata dan beberapa puluh ribu masing-masing moluska, krustasea, protista dan prokariotnya; cacah [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) eukariotnya ditaksir, dari laju [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) tinggi yang baru masih ditemukan, mendekati $9$ juta, sehingga sebagian besar [spesiesnya](#def-b1-classifying-biodiversity-species) tak bernama, dan sebagian besar di antaranya kecil, tropis, atau keduanya. [Spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) selalu *punah* — laju latarnya, dari fosil, sekitar satu [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) tiap sejuta tiap tahun — dan laju sekarangnya, yang dipacu kehilangan [habitat](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/26-ekosistem-dan-struktur-trofik#def-b1-ecosystem-organization-niche), eksploitasi, [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) invasif dan iklimnya, ditaksir seratus sampai seribu kali itu.

![Spesies yang diperikan menurut kelompoknya, dalam ribuan (dibulatkan). Separuh seluruh spesies yang dinamai adalah serangga, dan prokariotnya — organisme paling beranekaragam menurut ukuran molekul mana pun — memiliki lebih sedikit spesies terperikan daripada mamalia dan burungnya bersama-sama.](https://one-course.com/images/onecourse/chapters/biology-3/b1-classifying-biodiversity/fig-4e7107a9a8ed.svg)

*[Spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) yang diperikan menurut kelompoknya, dalam ribuan (dibulatkan). Separuh seluruh [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) yang dinamai adalah serangga, dan prokariotnya — [organisme](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/1-organisme-sistem-yang-berinteraksi-dengan-lingkungannya#def-b1-organism-environment-organism) paling beranekaragam menurut ukuran molekul mana pun — memiliki lebih sedikit [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) terperikan daripada mamalia dan burungnya bersama-sama.*

![Sebuah laci museum berisi kumbang yang ditusuk jarum: koleksinya adalah inventarisnya, dan sebuah laci seperti ini dapat memuat spesies yang belum dinamai siapa pun.](https://one-course.com/images/onecourse/chapters/biology-3/b1-classifying-biodiversity/img-c768350eda39.jpg)

*Sebuah laci museum berisi kumbang yang ditusuk jarum: koleksinya adalah inventarisnya, dan sebuah laci seperti ini dapat memuat [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) yang belum dinamai siapa pun.*

**Metode 29.13 (Menaksir berapa banyak spesies yang ada).**

1. Hitunglah [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) yang diperikan dalam sebuah kelompok dan laju yang baru masih ditambahkan; bila lajunya tidak melambat, inventarisnya jauh dari lengkap.
2. Ekstrapolasikan dari sebuah kelompok yang dikenal baik ke sebuah kelompok yang dikenal buruk lewat sebuah nisbah: bila fauna iklim sedangnya memuat dua [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) serangga tiap [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) tumbuhan, dan tropisnya memiliki $250\,000$ tumbuhan, tropisnya memuat sekurangnya setengah juta serangga.
3. Cupliklah secara intensif sebuah luas kecil (mengasapi sebuah tajuk pohon tropis dengan insektisida, mengurutkan [DNA](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/11-nukleotida-dan-asam-nukleat#def-b1-nucleic-acids-chain) seliter air laut) lalu naikkan skalanya dari fraksi [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) yang baru.
4. Pakailah pola pada seluruh peringkatnya: cacah filum, kelas, ordo dan familinya nyaris lengkap lalu naik teratur menuju aras [spesiesnya](#def-b1-classifying-biodiversity-species) ; mengekstrapolasikan keteraturannya memberi totalnya (sekitar $8.7$ juta eukariot).
5. Laporkan taksirannya beserta jangkaunya; jawaban yang jujur bagi prokariotnya adalah sebuah jangkau beberapa orde besaran.

## 29.5 Latihan

**Latihan 29.1 ★.**

Tuliskan nama kucing rumah dengan benar, kenalilah [genus](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) dan julukannya, lalu tempatkanlah ia dalam famili, ordo, kelas dan filumnya.

**Solusi Latihan 29.1.**

*Felis catus*: [genus](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) *Felis*, julukan *catus*; famili Felidae, ordo Carnivora, kelas Mammalia, filum Chordata.

**Latihan 29.2 ★.**

Definisikan [homologi](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) dan [homoplasi](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) dengan sebuah contoh masing-masing, lalu katakan yang mana yang menjadi bukti bagi sebuah [klade](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics).

**Solusi Latihan 29.2.**

[Homologi](#def-b1-classifying-biodiversity-characters): kemiripan lewat keturunan dari seorang moyang bersama (tulang tungkai depan seekor kelelawar dan seorang manusia). [Homoplasi](#def-b1-classifying-biodiversity-characters): kemiripan lewat pemusatan atau pembalikan (sayap seekor kelelawar dan seekor burung). Hanya [homologi](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) turunan yang dikongsi yang menjadi bukti bagi sebuah [klade](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics).

**Latihan 29.3 ★.**

Nyatakan apakah “ikan”, “burung” dan “hewan berdarah panas” bersifat monofiletik, parafiletik atau polifiletik, beserta alasannya.

**Solusi Latihan 29.3.**

“Ikan”: parafiletik (mengecualikan tetrapoda yang menurun dari ikannya). Burung: monofiletik (seluruh keturunan seorang moyang berbulu). “Hewan berdarah panas”: polifiletik (burung dan mamalianya memperoleh endoterminya secara terpisah).

**Latihan 29.4 ★.**

Sebutkan ketiga domainnya lalu berikan dua ciri yang memisahkan Archaea dari Bacteria.

**Solusi Latihan 29.4.**

Bacteria, Archaea, Eukarya. Archaea memiliki [lipid](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/9-lipid#def-b1-lipids-fattyacid) membran berpaut eter dan tanpa [peptidoglikan](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/10-karbohidrat#def-b1-carbohydrates-polysaccharide); [RNA polimerase](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/19-pengungkapan-gen-transkripsi-dan-translasi#def-b1-gene-expression-transcription) dan [protein](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/12-asam-amino-dan-protein#def-b1-proteins-peptide) [ribosomnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/19-pengungkapan-gen-transkripsi-dan-translasi#def-b1-gene-expression-ribosome) menyerupai milik eukariotnya.

**Latihan 29.5 ★★.**

Mengapa [konsep spesies biologi](#def-b1-classifying-biodiversity-species) tak dapat diterapkan pada bakteri atau pada fosil, dan apa yang dipakai sebagai gantinya?

**Solusi Latihan 29.5.**

Bakteri tidak berbiak silang — keduanya membelah, lalu menukar [gen](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/17-genom-sel-dan-virus#def-b1-genomes-gene) melintasi apa yang akan menjadi batas [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) — dan fosil tak dapat diuji perbiakan silangnya. Bakteri dibatasi lewat kemiripan urutannya (sebuah ambang pada [RNA ribosom](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/11-nukleotida-dan-asam-nukleat#def-b1-nucleic-acids-rnas) atau [genomnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/17-genom-sel-dan-virus#def-b1-genomes-genome)); fosil lewat morfologinya.

**Latihan 29.6 ★★.**

Tiga [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) X, Y, Z dan sebuah [kelompok luar](#def-b1-classifying-biodiversity-characters). Ciri 1 bersifat turunan pada X dan Y; ciri 2 pada Y dan Z; ciri 3 pada X dan Y; ciri 4 pada X dan Y. Gambarlah kedua pohon yang mungkin, hitunglah panjangnya, lalu berikan yang paling parsimonius beserta [homoplasinya](#def-b1-classifying-biodiversity-characters).

**Solusi Latihan 29.6.**

Pohon (X,Y),Z: ciri 1, 3, 4 satu perubahan masing-masing, ciri 2 dua perubahan: panjangnya 5. Pohon (Y,Z),X: ciri 2 satu perubahan, ciri 1, 3, 4 dua masing-masing: panjangnya 7. (X,Y) lebih disukai; ciri 2 adalah [homoplasinya](#def-b1-classifying-biodiversity-characters).

**Latihan 29.7 ★★.**

Mengapa sebuah [kelompok luar](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) dibutuhkan untuk membangun sebuah kladogram, dan apa yang menjadi salah bila [kelompok luar](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) yang dipilih sebenarnya termasuk di dalam kelompoknya?

**Solusi Latihan 29.7.**

[Kelompok luarnya](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) menetapkan polaritas tiap cirinya: keadaannya diambil sebagai keadaan moyang, sehingga hanya keadaan turunannya yang terhitung sebagai bukti. Sebuah [kelompok luar](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) yang sebenarnya berada di dalam kelompoknya membuat sebagian keadaan turunannya tampak sebagai keadaan moyang lalu mengakarkan pohonnya di tempat yang salah, sehingga mengubah [klade](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics) menjadi kelompok parafiletik.

**Latihan 29.8 ★★.**

Jelaskan mengapa hewan dan jamur dianggap kerabat yang lebih dekat daripada hewan dan tumbuhan, dan ciri apa yang dikongsi opistokontanya.

**Solusi Latihan 29.8.**

Urutan [ribosom](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/19-pengungkapan-gen-transkripsi-dan-translasi#def-b1-gene-expression-ribosome) dan [proteinnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/12-asam-amino-dan-protein#def-b1-proteins-peptide) menempatkan hewan dan jamur sebagai garis keturunan saudara, keduanya di dalam opistokonta, yang [sel](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/5-sel-satuan-kehidupan#def-b1-cell-unit-of-life-cell) berenangnya (sperma, zoospora khitrid) memiliki sebuah flagelum belakang tunggal; tumbuhannya terletak dalam sebuah garis keturunan terpisah yang ditetapkan kloroplas primernya.

**Latihan 29.9 ★★.**

Woese menemukan bahwa metanogen berbeda dari bakteri lain sebanyak berbeda dari eukariotnya. Mengapa hal ini membenarkan sebuah domain baru alih-alih sebuah kerajaan baru di dalam bakterinya?

**Solusi Latihan 29.9.**

Sebuah kerajaan di dalam bakterinya akan menyiratkan metanogennya lebih dekat pada bakteri lain daripada pada eukariotnya; urutannya memperlihatkan tiga garis keturunan yang sama jauhnya satu sama lain, sehingga prokariotnya bukanlah satu kelompok dan pembagian kehidupan yang terdalam bersifat rangkap tiga.

**Latihan 29.10 ★★★.**

Sebuah tajuk pohon tropis yang diasapi insektisida menghasilkan 1200 [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) kumbang, yang $20\,\%$ di antaranya khas bagi [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) pohon itu; kumbangnya adalah $40\,\%$ serangga tajuknya, dan tajuknya memuat dua pertiga serangga pohonnya; ada $50\,000$ [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) pohon tropis. Taksirlah cacah [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) serangga tropisnya lalu sebutkan anggapannya.

**Solusi Latihan 29.10.**

Kumbang khas inang tiap [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) pohonnya: $0.2\times 1200 = 240$; serangga tajuk yang khas bagi pohonnya: $240/0.4 = 600$; seluruh pohonnya: $600/(2/3) = 900$; dikali $50\,000$ pohon: $45$ juta. Anggapannya: pohon yang diasapinya khas, kekhasannya nyata dan bukan kekeliruan cuplikan, kumbangnya adalah $40\,\%$ serangga pada tiap pohonnya, dan [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) yang khas bagi satu pohon tidak terhitung dua kali — masing-masing tak pasti sebesar faktor dua atau lebih, dan taksiran kemudiannya telah jatuh menuju $5$ juta.

**Latihan 29.11 ★★★.**

Sebuah [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) diperikan dari sebuah spesimen museum tunggal; kemudian, [populasi](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/25-populasi-dan-demografi#def-b1-populations-population) hidup ditemukan yang sedikit berbeda. Jelaskan peran [spesimen tipenya](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) dalam memutuskan pada apa namanya berlaku, dan mengapa keutamaannya berarti.

**Solusi Latihan 29.11.**

[Spesimen tipenya](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) adalah benda yang diacu namanya: [populasi](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/25-populasi-dan-demografi#def-b1-populations-population) hidupnya adalah [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) yang sama bila keduanya dinilai sekonspesifik dengan tipenya, dan sebuah [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) baru bila tidak; pada hal yang kedua nama lamanya tinggal bersama tipenya dan [populasi](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/25-populasi-dan-demografi#def-b1-populations-population) barunya memerlukan sebuah nama baru. Keutamaannya menjamin bahwa bila dua nama ternyata mengacu pada satu [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species), yang lebih tua dipegang, sehingga namanya tidak berlipat ganda atau hanyut bersama tiap pendapat baru.

**Latihan 29.12 ★★★.**

“[Parsimoni](#def-b1-classifying-biodiversity-parsimony) menganggap bahwa evolusi menempuh jalan terpendek.” Bahaslah: apa yang benar-benar dianggap [parsimoni](#def-b1-classifying-biodiversity-parsimony), kapan ia gagal (pemusatan, garis keturunan yang berevolusi cepat), dan bagaimana data molekul serta fosil dipakai untuk memeriksa sebuah pohon.

**Solusi Latihan 29.12.**

[Parsimoni](#def-b1-classifying-biodiversity-parsimony) hanya menganggap bahwa pemusatan dan pembalikan lebih jarang daripada keturunan yang dikongsi, sehingga sebuah pohon tidak boleh dibuat menuntut lebih banyak daripada yang dipaksakan datanya. Ia gagal ketika pemusatannya lazim ([habitat](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/26-ekosistem-dan-struktur-trofik#def-b1-ecosystem-organization-niche) yang mirip), ketika cirinya berkorelasi (satu penyesuaian terhitung sebagai banyak), dan ketika garis keturunan yang berevolusi cepat menimbun kemiripan kebetulan lalu tertarik bersama (“cabang panjang saling menarik”). Urutan molekulnya memasok banyak ciri bebas dan model penggantian untuk menguji pohon yang sama; fosilnya memasok urutan kemunculan keadaan turunannya dan tarikh bagi belahannya; kesesuaian di antara data yang bebas itulah ujinya.

## 29.6 Soal: Delapan Vertebrata dan Sebuah Pohon

**Soal 29.1.**

Soal akhir pekan — sebuah matriks ciri delapan vertebrata, kladogramnya yang dibangun dengan tangan, dua pohon saingan yang diskor lewat parsimoni, kelompok tradisionalnya yang diuji monofilinya, dan sebuah taksiran cacah spesies, berakhir pada pohon paling parsimonius beserta panjangnya

[Matriksnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/6-organisasi-fungsional-sel-eukariot#def-b1-eukaryotic-cell-mitochondrion) menskor sepuluh ciri (1 = keadaan turunan hadir) bagi seekor lamprey ([kelompok luar](#def-b1-classifying-biodiversity-characters)), seekor hiu, seekor trout, seekor ikan paru, seekor katak, seekor kadal, seekor tikus dan seekor merpati.

|  | 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 |
| --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- | --- |
|  | rahang | rangka bertulang | [paru-paru](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/21-pertukaran-gas-pernapasan#def-b1-gas-exchange-lung) | empat tungkai | telur amniotik | rambut | bulu | tengkorak diapsid | endotermi | sisik keratin |
| lamprey | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| hiu | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| trout | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| ikan paru | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| katak | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 | 0 |
| kadal | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 | 1 |
| tikus | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 0 | 1 | 0 |
| merpati | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 | 1 | 1 | 1 |

**Bagian I — Membaca [matriksnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/6-organisasi-fungsional-sel-eukariot#def-b1-eukaryotic-cell-mitochondrion).**

1. Ciri mana yang dikongsi seluruh [taksonnya](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) kecuali [kelompok luarnya](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) ? Apa yang dikatakannya tentang pohonnya?
2. Daftarkan cirinya menurut urutan cacah [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) yang mengongsi keadaan turunannya, lalu katakan [klade](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics) mana yang ditetapkan masing-masing.
3. Ciri mana yang hadir pada sebuah [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) tunggal? Adakah keduanya berguna dalam menempatkan [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) itu?
4. Pasangan ciri mana yang saling berselisih, dan di antara ketiga [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) yang mana?
5. Nyatakan polaritas ciri 3 ( [paru-paru](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/21-pertukaran-gas-pernapasan#def-b1-gas-exchange-lung) ) lalu jelaskan bagaimana [kelompok luarnya](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) menetapkannya.
6. Berapa banyak pohon berakar yang berbeda dapat menghubungkan ketiga amniotanya satu sama lain, begitu sisa pohonnya ditetapkan? Ciri mana yang berperan dalam pilihannya?

**Bagian II — Membangun pohonnya.**

7. Gambarlah kladogram yang disiratkan ciri 1 sampai 5: [klade](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics) bersarangnya dari rahang sampai telur amniotiknya.
8. Di dalam amniotanya, gambarlah pohon A, yang di dalamnya kadal dan merpatinya menjadi [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) saudara, dan pohon B, yang di dalamnya tikus dan merpatinya menjadi saudara.
9. Hitunglah [panjang pohon](#def-b1-classifying-biodiversity-parsimony) A: bagi tiap dari kesepuluh cirinya, cacah minimum perubahan yang dituntutnya.
10. Hitunglah [panjang pohon](#def-b1-classifying-biodiversity-parsimony) B dengan cara yang sama.
11. Pohon mana yang paling parsimonius, dan seberapa jauh?
12. Sebutkan ciri yang homoplastik pada pohon yang disukainya lalu perikan tafsiran evolusinya.
13. Bila ciri 8 dan 10 disingkirkan, berapa kedua panjangnya akan menjadi, dan apa yang akan Anda simpulkan?

**Bagian III — Kelompok pada pohonnya.**

14. Pada pohon yang disukainya, adakah kelompok (hiu, trout, ikan paru) — yaitu “ikan” — monofiletik? [Takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) mana yang harus ditambahkan?
15. Adakah (kadal, tikus, merpati), yaitu amniotanya, monofiletik? Sebutkan [sinapomorfinya](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) .
16. Adakah (kadal) sendirian ditambah buaya dan kura-kuranya — yaitu “reptilia” tradisionalnya — monofiletik begitu merpatinya ditempatkan? Kelompok macam apakah ia?
17. Adakah (tikus, merpati), yang dikelompokkan lewat endoterminya, sebuah [klade](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics) ? Kelompok macam apakah ia?
18. Ikan parunya sering disebut seekor ikan. Pada pohonnya, adakah ia lebih dekat dengan troutnya atau dengan kataknya? Ciri mana yang memutuskan?
19. Berikan peringkat yang akan ditempati ketiga amniotanya dalam sebuah penggolongan Linnaeus, lalu jelaskan mengapa peringkatnya tidak menyampaikan keterangan tentang dalamnya belahannya.

**Bagian IV — Inventarisnya.**

20. Sekitar $70\,000$ [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) vertebrata telah diperikan dan laju perian barunya adalah $300$ setahun bagi ikannya dan $20$ bagi mamalianya. Inventaris mana yang lebih dekat pada selesai?
21. Sebuah survei [DNA](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/11-nukleotida-dan-asam-nukleat#def-b1-nucleic-acids-chain) dalam $1\,\mathrm{L}$ air laut menemukan $2000$ urutan [ribosom](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/19-pengungkapan-gen-transkripsi-dan-translasi#def-b1-gene-expression-ribosome) yang berbeda, yang $90\,\%$ di antaranya tak cocok dengan [organisme](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/1-organisme-sistem-yang-berinteraksi-dengan-lingkungannya#def-b1-organism-environment-organism) terperikan mana pun. Apa yang disiratkannya bagi inventaris prokariotnya?
22. Bila laju [kepunahan](#def-b1-classifying-biodiversity-biodiversity) latarnya adalah satu [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) tiap sejuta tiap tahun dan ada $9$ juta [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) eukariot, berapa banyak yang seharusnya punah setahun? Laju yang teramati bagi kelompok yang dikaji baik sekitar $1000$ kali lebih tinggi: berapa banyak tiap tahun yang diberikannya bagi seluruh eukariotnya?
23. Mengapa sebuah [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) yang punah sebelum diperikan menjadi sebuah kehilangan bagi [sistematika](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics) maupun bagi [ekosistemnya](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/26-ekosistem-dan-struktur-trofik#def-b1-ecosystem-organization-ecosystem) ?
24. Jelaskan mengapa cacah famili yang diperikan menjadi penuntun yang lebih baik bagi totalnya daripada cacah [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) yang diperikan.
25. Nyatakan hasilnya: pohon paling parsimonius kedelapan vertebratanya, yang ditulis dalam kurung bersarang, beserta panjangnya.

**Solusi Soal 29.1.**

**1.** Ciri 1, rahang: dikongsi semuanya kecuali lampreynya, sehingga ia menetapkan kelompok dalamnya lalu mengesahkan lampreynya sebagai [kelompok luar](#def-b1-classifying-biodiversity-characters). **2.** 1 (7 [takson](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature): vertebrata berahang), 2 (6: vertebrata bertulang), 3 (5: ikan paru dan tetrapodanya), 4 (4: tetrapoda), 5 (3: amniota), 8, 9 dan 10 (2 masing-masing: kadal+merpati, tikus+merpati, kadal+merpati), 6 dan 7 (1 masing-masing). **3.** Rambut (tikus) dan bulu (merpati): keadaan yang unik, autapomorfi, yang mendiagnosis [taksonnya](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) tetapi tak mengatakan apa pun tentang kerabatnya. **4.** Ciri 9 (endotermi: tikus+merpati) berselisih dengan 8 dan 10 (kadal+merpati); perselisihannya berada di antara ketiga amniotanya. **5.** Ketiadaan [paru-paru](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/21-pertukaran-gas-pernapasan#def-b1-gas-exchange-lung) adalah keadaan moyangnya (lamprey, hiu dan troutnya tak memilikinya), kehadirannya keadaan turunannya; keadaan [kelompok luarnya](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) diambil sebagai keadaan moyangnya. **6.** Tiga: salah satu dari ketiganya dapat menjadi yang terpisah — (kadal,merpati) dengan tikusnya di luar, (tikus,merpati) dengan kadalnya di luar, (kadal,tikus) dengan merpatinya di luar. Hanya ciri 8, 9 dan 10 yang berbeda di antara ketiganya, sehingga hanya ketiganya yang berperan dalam pilihannya. **7.** (lamprey,(hiu,(trout,(ikan paru,(katak,(kadal, tikus, merpati)))))), tiap simpulnya ditandai satu ciri. **8.** Pohon A: (tikus,(kadal,merpati)); pohon B: (kadal,(tikus, merpati)). **9.** Pohon A: ciri 1–8 dan 10 satu perubahan masing-masing (9), ciri 9 dua perubahan: panjangnya $11$. **10.** Pohon B: ciri 1–7 dan 9 satu masing-masing (8), ciri 8 dan 10 dua masing-masing: panjangnya $12$. **11.** Pohon A, sebesar satu langkah. **12.** Endotermi: ia muncul dua kali, sekali pada garis mamalianya dan sekali pada garis burungnya — sebuah pemusatan, yang sesuai dengan mekanismenya yang berbeda (bulu tubuh dan keringat lawan bulu dan kantung udara). **13.** Tanpa 8 dan 10: pohon A panjangnya 9 (endotermi dua kali), pohon B panjangnya 8 (semuanya sesuai): B akan lebih disukai. Simpulannya bergantung pada ciri yang dipilihnya; dengan sedikit ciri satu [homoplasi](#def-b1-classifying-biodiversity-characters) dapat membalikkan hasilnya, yang menjadi sebab banyak ciri, dan ciri molekul, dibutuhkan. **14.** Tidak: moyang bersamanya juga moyang tetrapodanya, sehingga keempat tetrapodanya harus ditambahkan. **15.** Ya: telur amniotiknya. **16.** Tidak: merpatinya menurun dari dalam reptilianya (ia saudara kadalnya di sini, dan saudara buayanya dalam pohon yang lebih penuh), sehingga reptilia tanpa burung bersifat parafiletik. **17.** Tidak: moyang bersama terdekatnya adalah moyang seluruh amniotanya, yang tidak endotermik; polifiletik, yang dikelompokkan lewat sebuah ciri yang memusat. **18.** Lebih dekat dengan kataknya: ia mengongsi [paru-paru](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/21-pertukaran-gas-pernapasan#def-b1-gas-exchange-lung) (ciri 3) dengan tetrapodanya, yang tak dimiliki troutnya; “ikan” tanpa tetrapoda bersifat parafiletik. **19.** Kelas Reptilia, kelas Mammalia, kelas Aves: tiga kelas berperingkat sama, walaupun belahan kadal–merpatinya jauh lebih baru daripada belahan masing-masing dari mamalianya; peringkatnya adalah kelaziman, dan peringkat yang sama tidak berarti umur atau kekhasan yang sama. **20.** Mamalia: $20$ baru setahun pada $6500$ ($0.3\,\%$); ikan: $300$ pada $35\,000$ ($0.9\,\%$) — inventaris mamalianya lebih dekat pada selesai, inventaris ikannya masih tumbuh cepat. **21.** Sembilan persepuluh urutannya milik [organisme](https://one-course.com/books/biology/3/id/chapter/1-organisme-sistem-yang-berinteraksi-dengan-lingkungannya#def-b1-organism-environment-organism) yang tak pernah dibiakkan atau dinamai: prokariot yang diperikan adalah sebuah fraksi kecil dari yang ada bahkan dalam satu liter air, dan inventarisnya nyaris belum dimulai. **22.** Latarnya: $9$ setahun. Seribu kali: $9000$ setahun — sebagian besarnya [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) yang tak pernah diperikan. **23.** Cirinya, urutannya dan tempatnya pada pohonnya hilang bersamanya; sebuah cabang pohon kehidupan terhapus sebelum ia digambar, dan tiap [klade](#def-b1-classifying-biodiversity-systematics) yang hanya ia sendiri akan menetapkannya pergi bersamanya. **24.** Famili itu besar, mencolok dan nyaris seluruhnya telah diperikan (famili baru kini jarang), sehingga cacahnya dekat pada lengkap; nisbah teratur [spesies](#def-b1-classifying-biodiversity-species) terhadap [genus](#def-b1-classifying-biodiversity-nomenclature) terhadap famili pada kelompok yang dikenal baik lalu membiarkan cacah familinya diekstrapolasikan ke [spesiesnya](#def-b1-classifying-biodiversity-species) tempat cacah [spesiesnya](#def-b1-classifying-biodiversity-species) tidak lengkap. **25.** (lamprey,(hiu,(trout,(ikan paru,(katak,(tikus,(kadal, merpati))))))), panjangnya $11$.