O splicing alternativo produz mensageiros diferentes a partir de um só gene pelo salto de éxon, pela escolha entre éxons mutuamente exclusivos, pela retenção de um íntron ou pelo uso de sítios de splicing 5 ou 3 alternativos. Ele é regulado por proteínas ligadoras de RNA que se ligam a elementos de sequência nos éxons e íntrons próximos de um sítio de splicing: as proteínas SR ligadas a intensificadores exônicos recrutam o spliceossomo e promovem a inclusão do éxon, as proteínas hnRNP ligadas a silenciadores a bloqueiam, e o desfecho numa dada célula é fixado pelas quantidades relativas dos dois tipos. Mais de dos genes humanos com vários éxons sofrem splicing alternativo; o gene Dscam de Drosophila, com quatro blocos de éxons mutuamente exclusivos (12, 48, 33 e 2 alternativas), pode produzir proteínas distintas, cada neurônio expressando um conjunto diferente que permite a seus ramos reconhecer-se e evitar-se mutuamente.
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