वैकल्पिक विच्छेदन एक ही जीन से भिन्न संदेशवाहक बनाता है — बहिर्वेशन लोप से, परस्पर अपवर्जी बहिर्वेशनों के बीच चुनाव से, किसी अंतर्वेशन को रोक रखने से, या वैकल्पिक 5 अथवा 3 विच्छेदन स्थलों के उपयोग से। इसका नियमन वे RNA-बंधक प्रोटीन करते हैं जो किसी विच्छेदन स्थल के पास बहिर्वेशनों और अंतर्वेशनों के अनुक्रम-अवयवों से बँधते हैं: बहिर्वेशनी संवर्धकों से बँधे SR प्रोटीन विच्छेदन-काय को बुलाते हैं और बहिर्वेशन के समावेश को बढ़ावा देते हैं, मौनकों से बँधे hnRNP प्रोटीन उसे रोकते हैं, और किसी दी हुई कोशिका में परिणाम दोनों प्रकारों की सापेक्ष मात्रा से तय होता है। मानव बहु-बहिर्वेशनी जीनों में से से अधिक का वैकल्पिक विच्छेदन होता है; Drosophila का Dscam जीन, जिसमें परस्पर अपवर्जी बहिर्वेशनों के चार खंड हैं (12, 48, 33 और 2 विकल्प), भिन्न प्रोटीन बना सकता है, और हर तंत्रिका-कोशिका एक भिन्न समुच्चय अभिव्यक्त करती है जिससे उसकी शाखाएँ एक-दूसरे को पहचानकर बच सकें।
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