الأحفورة بقايا كائن حي من زمن بعيد، أو أثره، محفوظة في الصخر. فبعض الأحافير أجزاء صلبة من الجسم — صدفة، أو عظم، أو سن، أو خشب — تحولت إلى حجر. وبعضها لا يحفظ إلا شكلًا: القالب هو الطبعة المجوفة التي تبقى في الصخر حيث ذابت صدفة أو عظم؛ والمصبوبة هي النسخة التي تتكون حين يمتلئ القالب بمادة معدنية جديدة أو برواسب. والأحفورة الأثرية علامة على ما فعله حيوان — أثر قدم، أو جحر، أو مسار — وليست جزءًا من جسمه.

