¿Qué es BLAST?

Alinear una consulta de $300$ residuos contra una base de datos de $10^{11}$ por programación dinámica completa costaría $3\times 10^{13}$ actualizaciones de celda por búsqueda. BLAST (Altschul y colaboradores, 1990) cambia un poco de sensibilidad por mil veces más velocidad en tres pasos: (1) se listan las palabras de la consulta (tres residuos para proteínas, once bases para ADN) y sus vecinas de alta puntuación; (2) se rastrea la base de datos en busca de coincidencias exactas de palabra — las semillas; (3) se extiende cada semilla en ambas direcciones sin huecos hasta que la puntuación cae una cantidad fijada por debajo de su máximo, conservando los pares de segmentos de alta puntuación (HSP), y luego se unen los HSP próximos con programación dinámica con huecos en una banda estrecha. Un homólogo verdadero contiene casi siempre al menos una palabra exacta de tres residuos en común; un parecido casual rara vez la tiene, y nunca se extiende.