Apa itu BLAST?

Menjajarkan sebuah kueri berisi $300$ residu terhadap pangkalan data berisi $10^{11}$ residu dengan pemrograman dinamis penuh akan memakan $3\times 10^{13}$ pembaruan sel tiap penelusuran. BLAST (Altschul dan rekan, 1990) menukar sedikit kepekaan demi kecepatan seribu kali lipat lewat tiga langkah: (1) daftarkanlah kata kuerinya (tiga residu bagi protein, sebelas basa bagi DNA) beserta tetangganya yang berskor tinggi; (2) pindailah pangkalan datanya untuk mencari kecocokan kata yang persis — benih; (3) perpanjanglah tiap benih ke kedua arah tanpa celah sampai skornya turun sejumlah tertentu di bawah skor terbaiknya, sambil menyimpan pasangan segmen berskor tinggi (HSP), lalu sambungkanlah HSP yang berdekatan dengan pemrograman dinamis bercelah di dalam sebuah pita sempit. Homolog yang sungguhan hampir selalu memuat sedikitnya satu kata tiga residu yang persis sama; kemiripan kebetulan jarang memuatnya, dan tak pernah diperpanjang.