المدربمحاذاة استعلام من بقية في مواجهة قاعدة بيانات من بالبرمجة الديناميكية الكاملة تقتضي تحديث خلية لكل بحث. وتقايض BLAST (ألتشول وزملاؤه، 1990) قليلًا من الحساسية بسرعة ألف ضعف عبر ثلاث خطوات: (1) عدّ كلمات الاستعلام (ثلاث بقايا للبروتينات، وإحدى عشرة قاعدة في DNA) وجيرانها العالية الدرجة؛ (2) مسح قاعدة البيانات عن مطابقات كلمات تامة — وهي البذور؛ (3) تمديد كل بذرة في الاتجاهين بلا فجوات حتى تهبط الدرجة مقدارًا محددًا دون أفضلها، مع الاحتفاظ بما يسمى أزواج القطع العالية الدرجة (HSP)، ثم وصل أزواج القطع المتجاورة ببرمجة ديناميكية بالفجوات في نطاق ضيق. والمتماثل الحقيقي يكاد لا يخلو من كلمة تامة واحدة من ثلاث بقايا مشتركة؛ أما الشبه المصادف فنادرًا ما يحوي واحدة، ولا يُمدَّد قط.
