PelatihGen yang membangun hewan adalah sebuah perkakas yang purba dan dipakai bersama: beberapa ratus faktor transkripsi dan jalur pengisyaratan yang hadir pada nenek moyang bersama semua hewan, dan keanekaan hewan datang kebanyakan dari perubahan pada kapan, di mana, dan seberapa banyak gen itu diungkapkan alih-alih pada apa yang disandinya. Homologi dalam: gen Pax6 mengarahkan pembentukan mata pada lalat, cumi-cumi, dan mencit, yang matanya tidak homolog sebagai organ — sebuah Pax6 mencit yang diungkapkan pada kaki seekor lalat membuat sebuah mata lalat yang salah tempat di sana (Halder, Gehring, 1995). Evolusi pengatur-sis: hilangnya duri panggul pada ikan duri air tawar adalah penghapusan satu penggalak gen Pitx1, dengan proteinnya tak tersentuh dan masih melayani di tempat lain; hilangnya bintik sayap pada sebagian lalat buah adalah sebuah perubahan pada sebuah penggalak yellow; hilangnya kaki pada ular adalah sebuah penggalak sonic hedgehog yang rusak pada anggota badannya. Geseran Hox: batas pengungkapan Hoxc6 menandai ruas tulang belakang toraks pertama pada mencit, ayam, angsa, dan ular sama saja, pada ruas 7, 14, 23, dan 3; hilangnya kaki perut pada serangga adalah protein Hox Ubx yang memperoleh sebuah ranah penekan yang mematikan gen kaki Distal-less, yang pada krustasea ia tidak melakukannya. Heterokroni, yakni sebuah perubahan pada waktu sebuah acara perkembangan, menjadikan aksolotl sebuah larva yang tetap dan wajah manusia wajah sebuah kera muda. Pertanyaan lama tentang bagaimana bentuk baru timbul menjadi sebuah pertanyaan tentang DNA pengatur: kebanyakan genom yang berarti bagi bentuknya bukanlah gen melainkan sakelar.
Contoh
Contoh 23.7 (Empat sayap)
Nenek moyang lalat punya empat sayap, seperti masih dipunyai capung dan lebah; lalat punya dua, dengan pasangan belakangnya menyusut menjadi penyeimbangnya. Pada lalat, Ultrabithorax diungkapkan pada segmen toraks ketiganya lalu menekan acara sayapnya di sana — sekitar seratus gen sasaran, dengan sebuah halter berupa sebuah sayap dengan gen itu dimatikan. Lalat mutan rangkap tiga milik Lewis, yang tidak punya fungsi Ubx pada segmen ketiganya, menumbuhkan sepasang sayap kedua: bukan sebuah struktur baru melainkan pelepasan sebuah struktur lama. Pada kupu-kupu, Ubx diungkapkan pada sayap belakangnya pula, dan di sana ia tidak menekan sayapnya melainkan mengubah polanya: protein yang sama, sehimpunan sasaran yang berbeda. Empat ratus juta tahun evolusi diptera berporos pada keputusan satu gen pada satu segmen, dan sebuah mutasi tunggal membatalkannya dalam satu angkatan — dan itulah sebabnya sejarah bentuknya terbaca pada gen yang membangunnya.