PelatihSebuah filogeni adalah sebuah pohon yang ujungnya adalah spesies (atau gen, atau individu) yang dibandingkan, yang simpul dalamnya adalah moyang bersamanya, dan yang akarnya adalah moyang tertua semuanya. Urutan percabangannya sajalah yang membawa sejarahnya: simpulnya boleh diputar dengan bebas, dan hanya persarangannya yang berarti. Sebuah klad atau kelompok monofiletik adalah seorang moyang beserta seluruh keturunannya (burung; mamalia; burung dan buaya bersama-sama); sebuah kelompok parafiletik adalah seorang moyang dengan sebagian keturunannya ditinggalkan (“reptil” tanpa burung, “ikan” tanpa tetrapoda, “prokariota”); sebuah kelompok polifiletik menyatukan keturunan moyang yang berbeda lewat sebuah kemiripan yang dievolusikannya secara terpisah (“hewan berdarah panas”). Sebuah sifat yang dibagi dua spesies karena moyangnya memilikinya adalah sebuah homologi (tulang sayap kelelawar dan sirip paus); sifat yang dievolusikannya secara bebas adalah sebuah analogi atau homoplasi (sayap kelelawar dan sayap burung sebagai sayap, mata kamera vertebrata dan gurita). Hanya homologi yang mencatat sejarah, dan di antaranya hanya keadaan turunan yang dibagi sebuah kelompok — yaitu sinapomorfinya, kata Hennig — yang membatasi sebuah klad: bulu membatasi burung, sedangkan keadaan moyang “tanpa bulu” tidak membatasi apa pun.
