CoachUne phylogénie est un arbre dont les extrémités sont les espèces (ou les gènes, ou les individus) comparées, dont les nœuds internes sont leurs ancêtres communs, et dont la racine est l’ancêtre le plus ancien de tous. Son ordre de branchement porte à lui seul l’histoire : on peut faire pivoter librement les nœuds, seul l’emboîtement compte. Un clade ou groupe monophylétique est un ancêtre avec tous ses descendants (les oiseaux ; les mammifères ; les oiseaux et les crocodiles ensemble) ; un groupe paraphylétique est un ancêtre dont certains descendants sont laissés de côté (« reptiles » sans les oiseaux, « poissons » sans les tétrapodes, « procaryotes ») ; un groupe polyphylétique réunit des descendants d’ancêtres différents par une ressemblance acquise séparément (« animaux à sang chaud »). Un caractère partagé par deux espèces parce que leur ancêtre le possédait est une homologie (les os de l’aile de la chauve-souris et de la nageoire de la baleine) ; un caractère acquis indépendamment est une analogie ou homoplasie (les ailes des chauves-souris et des oiseaux en tant qu’ailes, les yeux en chambre noire des vertébrés et des pieuvres). Seules les homologies enregistrent l’histoire, et parmi elles seuls les états dérivés partagés par un groupe — ses synapomorphies, selon le mot de Hennig — définissent un clade : les plumes définissent les oiseaux, l’état ancestral « pas de plumes » ne définit rien.
