A maioria das lesões afeta uma só fita e é reparada recortando o pedaço danificado e copiando a outra fita. O reparo por excisão de bases (BER) cuida de lesões pequenas que não distorcem a hélice: uma DNA-glicosilase específica para um tipo de base errada (uracila-DNA-glicosilase, glicosilase da 8-oxoG e várias outras) vira a base para fora da hélice e a corta de seu açúcar; uma AP-endonuclease corta o esqueleto no sítio abásico; uma polimerase (a Pol ) remove o açúcar e insere um nucleotídeo; uma ligase sela. O reparo por excisão de nucleotídeos (NER) cuida de lesões volumosas que distorcem a hélice — dímeros de pirimidina, adutos químicos — sem reconhecer a química da lesão em si: a distorção é detectada (pela XPC que varre o genoma, ou por uma RNA-polimerase parada, no ramo acoplado à transcrição), a hélice é aberta pelas subunidades helicase do TFIIH, o dano é verificado (XPA), duas endonucleases (XPF, XPG) cortam a fita danificada a nucleotídeos de distância, o oligonucleotídeo é liberado, e a polimerase e a ligase preenchem a lacuna. A perda de qualquer uma das sete proteínas XP causa o xeroderma pigmentoso: sensibilidade extrema à luz do sol, sardas e uma taxa mil vezes maior de câncer de pele.
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