جميع الكتب

مهني

1 Markets I: The Ecosystem and Exchange-Traded Marketsالأسواق عبر الإنترنتالإنجليزية 2 Markets II: Rates, FX and Creditالأسواق عبر الإنترنتالإنجليزية 3 Markets III: Commodities, Energy and Cryptoالأسواق عبر الإنترنتالإنجليزية 4 Quantitative Methodsالأساليب عبر الإنترنتالإنجليزية 5 Derivatives and Volatilityالمشتقات عبر الإنترنتالإنجليزية 6 Rates, Credit, XVA and Riskالفائدة والائتمان والمخاطر عبر الإنترنتالإنجليزية 7 Research Craft: Predictors, Backtests, Measurement, Portfoliosالبحث عبر الإنترنتالإنجليزية 8 Strategies I: Equities and Futuresالاستراتيجيات عبر الإنترنتالإنجليزية 9 Strategies II: Volatility, Relative Value, Macro and the Bank Desksالاستراتيجيات عبر الإنترنتالإنجليزية 10 Microstructure and Executionالتنفيذ عبر الإنترنتالإنجليزية 11 Market Making and High-Frequency Tradingصناعة السوق عبر الإنترنتالإنجليزية 12 Machine Learning for Marketsتعلم الآلة عبر الإنترنتالإنجليزية 13 Low-Latency Softwareالتكنولوجيا عبر الإنترنتالإنجليزية 14 Networks, Hardware and Trading Infrastructureالتكنولوجيا عبر الإنترنتالإنجليزية 15 Research, Data and Risk Platformsالتكنولوجيا عبر الإنترنتالإنجليزية 16 The Desk and the Firmالشركة عبر الإنترنتالإنجليزية 17 The Industry: Firms, Roles and Careersالمسارات المهنية عبر الإنترنتالإنجليزية 18 Interviews I: Maths, Probability and Speedالمسارات المهنية عبر الإنترنتالإنجليزية 19 Interviews II: Markets, Trading Games and the Final Roundالمسارات المهنية عبر الإنترنتالإنجليزية 20 Interviews III: Codeالمسارات المهنية عبر الإنترنتالإنجليزية
التطبيقات حول المدرب تسجيل الدخول ابدأ القراءة

الأحياء · المسرد

ما معنى النميطات والمحتوى المعلوماتي؟

تعريف 5.12 الأحياء الجامعية — السنة الثالثة · الفصل 5 — المعلوماتية الحيوية وتحليل المتتاليات

النميطة نمط قصير — موقع لعامل استنساخ، أو إشارة تشذيب، أو موقع فسفرة — تُمثَّل بما يسمى مصفوفة أوزان مواضع فيها تواتر fi(b)f_{i}(b) لكل قاعدة أو بقية bb عند كل موضع ii. والمحتوى المعلوماتي للموضع ii هو Ri=2−HiR_{i} = 2 - H_{i} بتّ في DNA، حيث Hi=−∑bfi(b)log⁡2fi(b)H_{i} = -\sum_{b} f_{i}(b)\log_{2} f_{i}(b) هي إنتروبيته: أي 22 بتّ لقاعدة ثابتة، و00 لموضع تتساوى فيه احتمالات الأربع. ويُرسم المجموع R=∑iRiR = \sum_{i} R_{i} شعارَ تسلسل، كل موضع فيه كومة من الحروف ارتفاعها الكلي RiR_{i} وأحجام حروفها بحسب التواتر.

شعار تسلسل لنميطة مروّج شبيهة بصندوق TATA. وارتفاع كل كومة هو المحتوى المعلوماتي لذلك الموضع، 2 - H_i بتًّا؛ والمواضع الأربعة الأولى تكاد تكون ثابتة وتحمل معظم بتّات النميطة البالغة 12 أو نحوها.
شعار تسلسل لنميطة مروّج شبيهة بصندوق TATA. وارتفاع كل كومة هو المحتوى المعلوماتي لذلك الموضع، 2−Hi2 - H_{i} بتًّا؛ والمواضع الأربعة الأولى تكاد تكون ثابتة وتحمل معظم بتّات النميطة البالغة 1212 أو نحوها.

أمثلة

مثال 5.14 (المطابقات المصادفة المتوقعة)

موقع قطع بست قواعد ثابتة محتواه R=12R = 12 بتًّا ويطابق موضعًا عشوائيًا باحتمال 4−6=2−124^{-6} = 2^{-12}: أي نحو 11001100 مرة في جينوم E. coli البالغ 4.6 Mb4.6\,\mathrm{Mb} مقروءًا على الطاقين (فالموقع متناظر، أي مرة لكل موضع)، و7×1057\times 10^{5} مرة في الجينوم البشري. وعامل في حقيقيات النوى نميطته تحمل 1010 بتّات يطابق 3×109×2−10≈33\times 10^{9}\times 2^{-10} \approx 3 ملايين موضع في الجينوم البشري، أي آلاف المرات أكثر من المورّثات التي ينظمها. فالنميطة وحدها متنبئ ضعيف في جينوم كبير؛ وإنما حالة الصبغين والنميطات المجاورة وحفظ الموقع عبر الأنواع هي ما يصنع تنبؤًا.

اقرأ في الفصل ←