La respiración anaerobia es una respiración — una cadena de transporte de electrones que bombea protones y fabrica ATP por quimiósmosis — con un aceptor final distinto del oxígeno. Las desnitrificantes (Pseudomonas, Paracoccus) reducen el nitrato a nitrito, óxido nítrico, óxido nitroso y finalmente , que escapa a la atmósfera; usan su cadena aerobia con unas pocas enzimas añadidas y solo pasan al nitrato cuando se ha agotado el oxígeno. Las reductoras del sulfato (Desulfovibrio) reducen el sulfato a sulfuro, ennegrecen el barro con sulfuro de hierro y le dan su olor. Los metanógenos, que son arqueas, reducen el con a metano (, ), o escinden el acetato en metano y ; el oxígeno los mata, y viven en el rumen de las vacas, los arrozales, las marismas y los vertederos, desde donde liberan un gas de efecto invernadero que es objeto del Capítulo 27. Los óxidos de hierro y de manganeso sirven a otros grupos. El volumen del primer año trataba el oxígeno como el aceptor; durante la mayor parte de la historia de la Tierra, y hoy en todo sedimento, es solo el primero de una serie.
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