A respiração anaeróbia é uma respiração — uma cadeia transportadora de elétrons que bombeia prótons e produz ATP por quimiosmose — com um aceptor terminal diferente do oxigênio. Os desnitrificantes (Pseudomonas, Paracoccus) reduzem o nitrato a nitrito, óxido nítrico, óxido nitroso e por fim , que escapa para o ar; usam sua cadeia aeróbia com algumas enzimas a mais e passam ao nitrato apenas quando o oxigênio acaba. Os redutores de sulfato (Desulfovibrio) reduzem o sulfato a sulfeto, enegrecem a lama com sulfeto de ferro e lhe dão seu cheiro. Os metanogênicos, que são arqueias, reduzem o com a metano (, ), ou quebram o acetato em metano e ; o oxigênio os mata, e eles vivem no rúmen das vacas, nos arrozais, nos pântanos e nos aterros sanitários, de onde liberam um gás de efeito estufa que é objeto do Capítulo 27. Os óxidos de ferro e de manganês servem a outros grupos. O volume do Ano 1 tratou o oxigênio como o aceptor; durante a maior parte da história da Terra, e em todo sedimento hoje, ele é apenas o primeiro de uma série.
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