La respiration anaérobie est une respiration — une chaîne de transport d’électrons qui pompe des protons et produit de l’ATP par chimiosmose — dont l’accepteur terminal n’est pas le dioxygène. Les dénitrifiants (Pseudomonas, Paracoccus) réduisent le nitrate en nitrite, en monoxyde d’azote, en protoxyde d’azote et enfin en , qui s’échappe dans l’air ; ils utilisent leur chaîne aérobie complétée de quelques enzymes et ne passent au nitrate qu’une fois le dioxygène épuisé. Les sulfato-réducteurs (Desulfovibrio) réduisent le sulfate en sulfure, noircissent la vase de sulfure de fer et lui donnent son odeur. Les méthanogènes, qui sont des archées, réduisent le par en méthane (, ), ou scindent l’acétate en méthane et ; le dioxygène les tue, et ils vivent dans les panses des vaches, les rizières, les marais et les décharges, d’où ils libèrent un gaz à effet de serre qui fait l’objet du Chapitre 27. Les oxydes de fer et de manganèse servent à d’autres groupes. Le volume de première année traitait le dioxygène comme l’accepteur ; pendant la plus grande partie de l’histoire de la Terre, et dans chaque sédiment aujourd’hui, il n’est que le premier d’une série.
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