PelatihGen pada dua spesies yang berasal dari satu gen pada moyang bersamanya disebut ortolog; gen di dalam satu spesies yang berasal dari sebuah penggandaan disebut paralog. Blok kromosom yang urutan gennya lestari antarspesies bersifat sintenik; sinteni memungkinkan sebuah gen ditemukan pada satu genom dari kedudukannya pada genom yang lain dan menyingkapkan penataan ulang yang memisahkan dua kariotipe (kira-kira penataan ulang antara manusia dan mencit). Urutan yang lestari antarspesies yang berjauhan tetapi tidak menyandikan protein — unsur tak penyandi yang lestari, sebagian lestari sampai ke basanya sepanjang lebih dari antara manusia dan ikan — sebagian besar merupakan penguat gen perkembangan. Penggandaan seluruh genom telah menandai sejarah beberapa garis keturunan: dua putaran pada asal mula vertebrata (empat gugus Hox mamalia lawan satu gugus invertebrata), satu putaran pada moyang salmon, satu pada garis keturunan khamir, beberapa pada tumbuhan berbunga; gen gandanya sebagian besar hilang sepanjang puluhan juta tahun, dan yang bertahan menyimpang fungsinya.
Contoh
Contoh 4.10 (Manusia dan simpanse)
Urutan bersalinan tunggal yang disejajarkan berbeda antara manusia dan simpanse pada basanya — sekitar juta substitusi — dan berbeda oleh sisipan serta delesi yang seluruhnya mencapai lagi dari tiap genom. Dua orang manusia berbeda pada kira-kira satu basa tiap seribu, sekitar juta tapak, ditambah beberapa ribu varian struktural; dua ekor simpanse, yang populasinya lebih besar sejak lebih lama, berbeda agak lebih banyak. Seorang anak mengusung sekitar mutasi baru yang tak dimiliki kedua tetuanya, empat perlimanya dari ayahnya, dan cacahnya naik kira-kira dua tiap tahun umur ayahnya — aritmetika Bab 3 yang diterapkan pada banyaknya pembelahan spermatogenesis.