तुलनात्मक जीनोमिकी क्या है?

दो जातियों के वे जीन जो उनके साझा पूर्वज के एक ही जीन से उतरे हैं ऑर्थोलॉग हैं; किसी एक जाति के भीतर किसी द्विगुणन से उतरे जीन पैरालॉग हैं। गुणसूत्र के वे खंड जिनमें जातियों के बीच जीन-क्रम संरक्षित है सहविन्यासी हैं; सहविन्यास से किसी जीन को एक जीनोम में दूसरे जीनोम में उसकी स्थिति से ढूँढ़ा जा सकता है और वे पुनर्विन्यास उजागर होते हैं जो दो गुणसूत्र-प्ररूपों को अलग करते हैं (मनुष्य और चूहे के बीच लगभग $1000$)। दूर की जातियों के पार संरक्षित वे अनुक्रम जो किसी प्रोटीन का कूटलेखन नहीं करते — संरक्षित अकूटलेखी अवयव, जिनमें से कुछ मनुष्य और मछली के बीच $200\,\mathrm{bp}$ तक क्षार-दर-क्षार अतिसंरक्षित हैं — अधिकतर परिवर्धन-जीनों के संवर्धक हैं। पूर्ण-जीनोम द्विगुणनों ने वंशक्रमों के इतिहास पर छाप छोड़ी है: कशेरुकियों के उद्गम पर दो बारियाँ (अकशेरुकियों के एक गुच्छे के सामने स्तनधारियों के चार Hox गुच्छे), सैल्मन-कुल के पूर्वज में एक, खमीर के वंशक्रम में एक, सपुष्प पौधों में कई; द्विगुणित जीन अधिकतर करोड़ों वर्षों में खो जाते हैं, और जो बचते हैं उनका प्रकार्य अलग हो जाता है।