Qu'est-ce que « Génomique comparée » ?

Des gènes de deux espèces descendus d’un même gène de leur ancêtre commun sont orthologues ; des gènes d’une même espèce descendus d’une duplication sont paralogues. Les blocs de chromosome où l’ordre des gènes est conservé entre espèces sont dits synténiques ; la synténie permet de localiser un gène dans un génome à partir de sa position dans un autre et révèle les remaniements qui séparent deux caryotypes (environ $1000$ entre l’homme et la souris). Les séquences conservées entre espèces éloignées et qui ne codent aucune protéine — les éléments non codants conservés, dont certains sont ultraconservés à la base près sur $200\,\mathrm{bp}$ entre l’homme et le poisson — sont pour la plupart des amplificateurs de gènes du développement. Des duplications du génome entier ont marqué l’histoire de certaines lignées : deux tours à l’origine des vertébrés (les quatre complexes Hox des mammifères contre l’unique complexe des invertébrés), un chez l’ancêtre des salmonidés, un dans la lignée des levures, plusieurs chez les plantes à fleurs ; les gènes dupliqués sont pour la plupart perdus en quelques dizaines de millions d’années, et les survivants divergent par leur fonction.