Tumbuhan ditransformasi oleh Agrobacterium tumefaciens, bakteri tanah yang secara alami menyisipkan sepotong plasmid pengimbas tumornya, yaitu T-DNA, ke dalam genom tumbuhan yang terluka agar tumbuhan itu menumbuhkan puru lalu menyuapi bakterinya. Mengganti gen milik T-DNA itu sendiri dengan gen pilihan mana pun, di antara urutan batas yang dikenali bakterinya, mengubah patogennya menjadi sebuah vektor; sel yang telah ditransformasi dipilih lalu diregenerasi menjadi tumbuhan utuh, yang dapat dikerjakan setiap sel tumbuhan. Spesies yang tak diinfeksi bakteri itu (serealia, untuk waktu yang lama) ditransformasi dengan menembakkan butiran emas berlapis DNA ke dalam jaringannya. Tanaman termodifikasi genetik yang ditanam secara luas mengusung gen toksin bakteri (Bt) yang melawan larva serangga, atau enzim bakteri yang memberi toleransi terhadap herbisida, atau keduanya; adapun Padi Emas mengusung dua gen jalur karotenoid (fitoena sintase tumbuhan dan sebuah desaturase bakteri) sehingga endospermanya membuat -karotena, pendahulu vitamin A, yang kekurangannya membutakan dan membunuh beberapa ratus ribu anak tiap tahun.