पौधों का रूपांतरण Agrobacterium tumefaciens से होता है, जो मिट्टी का ऐसा जीवाणु है जो स्वाभाविक रूप से अपने अर्बुद-प्रेरक प्लाज़्मिड का एक खंड, T-DNA, किसी घायल पौधे के जीनोम में डाल देता है ताकि पौधा कोई गाँठ उगाए और जीवाणु को खिलाए। T-DNA के अपने जीनों को किसी भी चुने जीन से बदल देना, उन्हीं सीमा-अनुक्रमों के बीच जिन्हें जीवाणु पहचानता है, रोगजनक को एक संवाहक बना देता है; रूपांतरित कोशिकाएँ चुनी जाती हैं और पूरे पौधों में पुनर्जनित की जाती हैं, जो हर पादप कोशिका कर सकती है। जिन जातियों को यह जीवाणु संक्रमित नहीं करता (बहुत समय तक अनाज) उनका रूपांतरण DNA-लेपित सोने के कणों को ऊतक में दागकर होता है। बड़े पैमाने पर उगाई जाने वाली आनुवंशिक रूपांतरित फ़सलें कीट-डिंभों के विरुद्ध कोई जीवाणु विष जीन (Bt) ढोती हैं, या कोई जीवाणु एंज़ाइम जो किसी खरपतवारनाशी के प्रति सहिष्णुता देता है, या दोनों; स्वर्ण चावल कैरोटीनॉयड पथ के दो जीन ढोता है (कोई पादप फ़ाइटोईन सिंथेज़ और कोई जीवाणु डीसैचुरेज़) ताकि उसका भ्रूणपोष -कैरोटीन बनाए, जो विटामिन A का पूर्वगामी है और जिसकी कमी हर वर्ष कई लाख बच्चों को अंधा करती और मारती है।