Biologie · Begrippenlijst

Wat is Structuurmethoden?

Definitie 7.6 Universitaire biologie — jaar 3 · Hoofdstuk 7 — Structuurbiologie van eiwitten

De röntgenkristallografie kweekt een kristal van het eiwit, stelt het bloot aan een bundel röntgenstraling en registreert het diffractiepatroon; de posities van de vlekken geven het rooster en hun intensiteiten geven, zodra de fasen van de golven zijn teruggevonden, de elektronendichtheid van de eenheidscel, waarin de keten wordt ingebouwd. De kernspinresonantie (NMR) meet in oplossing de koppelingen tussen de kernen van atomen die in de ruimte dicht bij elkaar liggen, waaruit afstanden en dus een structuur worden berekend; zij werkt voor eiwitten onder ongeveer 40kDa40\,\mathrm{kDa} en meldt hun bewegingen. De cryo-elektronenmicroscopie beeldt duizenden tot miljoenen afzonderlijke moleculen af die in een dunne film glasachtig ijs zijn bevroren, elk in een willekeurige stand, en reconstrueert de driedimensionale dichtheid door ze te combineren; sinds de directe elektronendetectoren (2013) haalt zij atomaire resolutie en heeft zij geen kristal nodig, zodat grote complexen, membraaneiwitten en buigzame samenstellingen die nooit kristalliseerden nu routinematig worden opgelost. De resolutie van een structuur is de kleinste afstand waarop twee kenmerken nog worden gescheiden: bij 0.35nm0.35\,\mathrm{nm} liggen de ruggengraat en de grote zijketens vast, bij 0.2nm0.2\,\mathrm{nm} elk atoom, bij 0.1nm0.1\,\mathrm{nm} de waterstofatomen.

Max Perutz in 1962, het jaar van zijn Nobelprijs voor de structuur van hemoglobine (Associated Press, publiek domein). Midden: eiwitkristallen in een hangende druppel, het vertrekpunt van de kristallografie. Rechts: een cryo-elektronenmicroscoop, het instrument dat kristallen overbodig maakte. Max Perutz in 1962, het jaar van zijn Nobelprijs voor de structuur van hemoglobine (Associated Press, publiek domein). Midden: eiwitkristallen in een hangende druppel, het vertrekpunt van de kristallografie. Rechts: een cryo-elektronenmicroscoop, het instrument dat kristallen overbodig maakte. Max Perutz in 1962, het jaar van zijn Nobelprijs voor de structuur van hemoglobine (Associated Press, publiek domein). Midden: eiwitkristallen in een hangende druppel, het vertrekpunt van de kristallografie. Rechts: een cryo-elektronenmicroscoop, het instrument dat kristallen overbodig maakte.
Max Perutz in 1962, het jaar van zijn Nobelprijs voor de structuur van hemoglobine (Associated Press, publiek domein). Midden: eiwitkristallen in een hangende druppel, het vertrekpunt van de kristallografie. Rechts: een cryo-elektronenmicroscoop, het instrument dat kristallen overbodig maakte.
Lees in het hoofdstuk →