De röntgenkristallografie kweekt een kristal van het eiwit, stelt het bloot aan een bundel röntgenstraling en registreert het diffractiepatroon; de posities van de vlekken geven het rooster en hun intensiteiten geven, zodra de fasen van de golven zijn teruggevonden, de elektronendichtheid van de eenheidscel, waarin de keten wordt ingebouwd. De kernspinresonantie (NMR) meet in oplossing de koppelingen tussen de kernen van atomen die in de ruimte dicht bij elkaar liggen, waaruit afstanden en dus een structuur worden berekend; zij werkt voor eiwitten onder ongeveer en meldt hun bewegingen. De cryo-elektronenmicroscopie beeldt duizenden tot miljoenen afzonderlijke moleculen af die in een dunne film glasachtig ijs zijn bevroren, elk in een willekeurige stand, en reconstrueert de driedimensionale dichtheid door ze te combineren; sinds de directe elektronendetectoren (2013) haalt zij atomaire resolutie en heeft zij geen kristal nodig, zodat grote complexen, membraaneiwitten en buigzame samenstellingen die nooit kristalliseerden nu routinematig worden opgelost. De resolutie van een structuur is de kleinste afstand waarop twee kenmerken nog worden gescheiden: bij liggen de ruggengraat en de grote zijketens vast, bij elk atoom, bij de waterstofatomen.