CoachOs resíduos das caudas das histonas sofrem modificações covalentes: acetilação de lisinas (que neutraliza sua carga positiva e afrouxa o aperto sobre o DNA), metilação de lisinas e argininas (um, dois ou três grupos metila, sem mudança de carga), fosforilação de serinas, ubiquitinação de lisinas. Uma modificação é nomeada pela histona, pelo resíduo e pelo grupo: H3K4me3 é a histona H3, lisina 4, trimetilada; H3K27ac é a H3 com a lisina 27 acetilada. O código das histonas é a correlação entre combinações de marcas e o estado do gene subjacente: H3K4me3 e H3K27ac em promotores e intensificadores ativos, H3K36me3 ao longo dos corpos dos genes transcritos, H3K9me3 na heterocromatina constitutiva, H3K27me3 em genes silenciados durante o desenvolvimento. As enzimas que acrescentam uma marca são escritores (acetiltransferases de histonas, HATs; metiltransferases), as que a removem são apagadores (desacetilases de histonas, HDACs; desmetilases), e as proteínas que se ligam a uma marca e agem sobre ela são leitores: um bromodomínio liga acetil-lisina, um cromodomínio metil-lisina.
Exemplos
Exemplo 1.11 (Números)
Os valores medidos em células de mamífero são e por divisão num CpG típico. Então , próximo da fração metilada de todo o genoma, e : um sítio totalmente metilado entregue apenas à maquinaria estaria a meio caminho de volta à média após divisões. Um promotor silenciado que permanece silencioso durante as centenas de divisões de uma vida precisa, portanto, de mais do que a DNMT1: os leitores de metil-CpG recrutam a metilação da H3K9 e os leitores da H3K9 recrutam a DNMT3, de modo que uma ilha densa de marcas eleva seu próprio rumo a e abaixa o vizinho rumo a . Inversamente, uma célula que perde a DNMT1 perde a marca passivamente: com a fração de fitas metiladas cai pela metade a cada divisão.