CoachLes résidus des queues d’histones sont modifiés de façon covalente : acétylation des lysines (qui neutralise leur charge positive et relâche la prise sur l’ADN), méthylation des lysines et des arginines (un, deux ou trois groupements méthyle, sans changement de charge), phosphorylation des sérines, ubiquitinylation des lysines. Une modification se nomme par l’histone, le résidu et le groupement : H3K4me3 désigne l’histone H3, lysine 4, triméthylée ; H3K27ac, H3 dont la lysine 27 est acétylée. Le code des histones est la corrélation entre des combinaisons de marques et l’état du gène sous-jacent : H3K4me3 et H3K27ac sur les promoteurs et les amplificateurs actifs, H3K36me3 le long du corps des gènes transcrits, H3K9me3 sur l’hétérochromatine constitutive, H3K27me3 sur les gènes réprimés au cours du développement. Les enzymes qui déposent une marque sont des écrivains (histone-acétyltransférases, HAT ; méthyltransférases), celles qui la retirent des effaceurs (histone-désacétylases, HDAC ; déméthylases), et les protéines qui reconnaissent une marque et agissent sur elle des lecteurs : un bromodomaine lie une acétyl-lysine, un chromodomaine une méthyl-lysine.
Exemples
Exemple 1.11 (Les nombres)
Les valeurs mesurées sur des cellules de mammifère sont et par division sur un CpG ordinaire. On a alors , proche de la fraction méthylée à l’échelle du génome entier, et : un site entièrement méthylé, laissé à la seule machinerie, serait revenu à mi-chemin de la moyenne après divisions. Un promoteur réprimé qui doit le rester pendant les centaines de divisions d’une vie a donc besoin de plus que DNMT1 : les lecteurs du méthyl-CpG recrutent la méthylation de H3K9 et les lecteurs de H3K9 recrutent DNMT3, si bien qu’un îlot dense de marques élève son propre vers et abaisse le du voisinage vers . À l’inverse, une cellule qui perd DNMT1 perd la marque passivement : avec la fraction de brins méthylés est divisée par deux à chaque division.