Os piRNAs são RNAs de nucleotídeos, feitos sem a Dicer a partir de longos transcritos de fita simples de agrupamentos de piRNA genômicos — cemitérios de cópias defeituosas de transpósons — e carregados na subfamília PIWI das proteínas Argonauta na linhagem germinativa. Um piRNA antissenso a um transpóson guia a clivagem dos transcritos desse transpóson; o fragmento clivado se torna um novo piRNA senso, que por sua vez corta transcritos do agrupamento para fazer mais piRNAs antissenso — o ciclo pingue-pongue, uma amplificação que mira justamente o transpóson que estiver ativo. Proteínas PIWI nucleares também dirigem a metilação da H3K9 e a metilação do DNA às cópias genômicas do transpóson, ligando o RNA às marcas de cromatina do Capítulo 1. A mãe deposita seus piRNAs no óvulo; uma fêmea cuja linhagem nunca encontrou um transpóson não tem piRNAs contra ele, e sua prole com um macho que o carrega é estéril — a disgenesia híbrida, vista primeiro em cruzamentos de Drosophila entre linhagens de laboratório e selvagens.
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