A interferência por RNA (RNAi) é o silenciamento sequência-específico de um gene por um RNA pequeno derivado de RNA de fita dupla. A enzima Dicer, uma RNase III, corta o RNA longo de fita dupla em dúplexes de nucleotídeos com extremidades 3 salientes de dois nucleotídeos; uma das fitas de cada dúplex, a fita-guia, é carregada numa proteína Argonauta para formar o complexo de silenciamento induzido por RNA (RISC). A guia pareia com um RNA-alvo complementar, e o domínio endonuclease da Argonauta corta o alvo em frente aos nucleotídeos 10 e 11 da guia; o RNA cortado é então degradado e o RISC é liberado para procurar outro. Em plantas, vermes e fungos uma RNA-polimerase dependente de RNA copia o alvo em novo RNA de fita dupla, de modo que o sinal é amplificado e se propaga; os mamíferos não têm essa etapa.