La reparación de errores de apareamiento (MMR) corrige los malos apareamientos y los pequeños bucles de inserción o deleción que escapan a la corrección de pruebas. La proteína MutS (MSH2–MSH6 en el ser humano) reconoce la deformación de un mal apareamiento y, con MutL (MLH1–PMS2), autoriza a una exonucleasa a degradar la hebra recién sintetizada desde una mordedura cercana hasta más allá del mal apareamiento; una polimerasa rellena el hueco. La dificultad es la discriminación de hebra: un mal apareamiento tiene dos bases y solo una es la equivocada. En Escherichia coli la hebra nueva se identifica porque todavía no está metilada en los sitios GATC, que la metilasa Dam marca unos minutos después de la síntesis; MutH muerde la hebra no metilada. En los eucariotas la hebra nueva se identifica por las mordeduras entre fragmentos de Okazaki y por el extremo 3 libre de la hebra conductora. La pérdida de la MMR sube la tasa de mutación de cien a mil veces, sobre todo y de manera visible en los microsatélites — series de una repetición corta donde la polimerasa resbala —, cuyas longitudes cambian de una célula a otra: la inestabilidad de microsatélites. La pérdida heredada de un alelo de la MMR es el síndrome de Lynch, con cáncer colorrectal en cerca del de los portadores, a menudo antes de los cincuenta.
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