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1 Physique du primaire et du collègeশ্রেণি 1–9 অনলাইন 2 Physique du lycéeশ্রেণি 10–12 অনলাইন 3 Physique universitaire — 1re annéeস্নাতক প্রথম বর্ষ অনলাইন 4 Physique universitaire — 2e annéeস্নাতক দ্বিতীয় বর্ষ অনলাইন 5 Physique universitaire — 3e annéeস্নাতক তৃতীয় বর্ষ অনলাইন

1 La chimie à l’école — Années 1 à 12শ্রেণি 1–12 অনলাইন 2 Chimie universitaire — 1re annéeস্নাতক প্রথম বর্ষ অনলাইন 3 Chimie universitaire — 2e annéeস্নাতক দ্বিতীয় বর্ষ অনলাইন 4 Chimie universitaire — 3e annéeস্নাতক তৃতীয় বর্ষ অনলাইন

1 Biologie du primaire et du collègeশ্রেণি 1–9 অনলাইন 2 Biologie du lycéeশ্রেণি 10–12 অনলাইন 3 Biologie universitaire — 1re annéeস্নাতক প্রথম বর্ষ অনলাইন 4 Biologie universitaire — 2e annéeস্নাতক দ্বিতীয় বর্ষ অনলাইন 5 Biologie universitaire — 3e annéeস্নাতক তৃতীয় বর্ষ অনলাইন

1 Sciences de la Terre et de l’Univers du primaire et du collègeশ্রেণি 1–9 অনলাইন 2 Sciences de la Terre et de l’Univers du lycéeশ্রেণি 10–12 অনলাইন 3 Sciences de la Terre et de l’Univers à l’université — 1re annéeস্নাতক প্রথম বর্ষ অনলাইন 4 Sciences de la Terre et de l’Univers à l’université — 2e annéeস্নাতক দ্বিতীয় বর্ষ অনলাইন 5 Sciences de la Terre et de l’Univers à l’université — 3e annéeস্নাতক তৃতীয় বর্ষ অনলাইন

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Biologie · পরিভাষা

Motifs et contenu en information কী?

Définition 5.12 Biologie universitaire — 3e année · অধ্যায় 5 — Bio-informatique et analyse des séquences

Un motif est un court patron — un site de facteur de transcription, un signal d’épissage, un site de phosphorylation — représenté par une matrice de poids-position donnant la fréquence $f_{i}(b)$ de chaque base ou résidu $b$ à chaque position $i$ . Le contenu en information de la position $i$ vaut $R_{i} = 2 - H_{i}$ bits pour l’ADN, où $H_{i} = -\sum_{b} f_{i}(b)\log_{2} f_{i}(b)$ est son entropie : $2$ bits pour une base invariante, $0$ pour une position où les quatre bases sont également probables. Le total $R = \sum_{i} R_{i}$ se dessine en un logo de séquence, chaque position étant une pile de lettres dont la hauteur totale vaut $R_{i}$ et dont les lettres sont dimensionnées par leur fréquence.

Un logo de séquence d’un motif de promoteur du type boîte TATA. La hauteur de chaque pile est le contenu en information de cette position,

2 - H_{i}

bits ; les quatre premières positions sont presque invariantes et portent l’essentiel des quelque

12

bits du motif.

উদাহরণ

Exemple 5.14 (Correspondances fortuites attendues)

Un site de restriction de six bases fixées a $R = 12$ bits et correspond à une position aléatoire avec la probabilité $4^{-6} = 2^{-12}$ : environ $1100$ fois dans un génome d’E. coli de $4.6\,\mathrm{Mb}$ lu sur les deux brins (le site est palindromique, donc une fois par position), et $7\times 10^{5}$ fois dans le génome humain. Un facteur eucaryote dont le motif porte $10$ bits correspond à $3\times 10^{9}\times 2^{-10} \approx 3$ millions de positions du génome humain, plusieurs milliers de fois plus que les gènes qu’il règle. Un motif seul est un piètre prédicteur dans un grand génome ; ce sont l’état de la chromatine, les motifs voisins et la conservation du site entre espèces qui font une prédiction.

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