एपिजेनेटिकी जीन-क्रियाशीलता के उन वंशागत परिवर्तनों का अध्ययन है जो DNA अनुक्रम के परिवर्तन नहीं हैं: ऐसी अवस्थाएँ जो DNA मेथिलीकरण, हिस्टोन चिह्नों या स्वयं-पोषी अनुलेखन-कारक परिपथों से ढोई जाती हैं और कोशिका-विभाजन के पार नकल होती हैं। समान अनुक्रम पर भिन्न स्थायी एपिजेनेटिक अवस्था वाले दो युग्मविकल्पी एपियुग्मविकल्पी हैं। समसूत्री विभाजन के पार वंशागति नियम है और वही किसी विभेदित कोशिका को विभेदित बनाए रखती है। अर्धसूत्री विभाजन के पार, जनक से संतति तक, वंशागति स्तनधारियों में अपवाद है, क्योंकि चिह्न पुनःक्रमादेशन की दो लहरों में मिटा दिए जाते हैं: आद्य जनन-कोशिकाओं में, जहाँ अंकन और अधिकांश मेथिलीकरण पोंछ दिए जाते हैं और फिर लिंग के अनुसार नए सिरे से तय होते हैं, और दुबारा युग्मनज तथा प्रारंभिक भ्रूण में, जहाँ पैतृक जीनोम TET3 द्वारा सक्रिय रूप से और मातृ जीनोम निष्क्रिय रूप से अमेथिलित होता है, इससे पहले कि DNMT3 भ्रूण के अपने प्रतिरूप बिछाए।
उदाहरण
उदाहरण 1.19 (अगूती जीवक्षम पीला चूहा)
युग्मविकल्पी में अगूती रोम-वर्ण जीन के ऊपर की ओर एक रेट्रोट्रांसपोज़ॉन घुस गया है। जहाँ ट्रांसपोज़ॉन का प्रवर्तक अमेथिलित है वहाँ वह हर कोशिका में अगूती को लगातार चलाता है; चूहा पीला, मोटा और मधुमेह-प्रवण होता है। जहाँ वह मेथिलित है वहाँ जीन अपने सामान्य नियंत्रण में रहता है और चूहा भूरा होता है (“छद्म-अगूती”)। आनुवंशिक रूप से समरूप सहोदर पूरे वर्णक्रम में फैले होते हैं, और किसी पीली माता के पिल्ले किसी भूरी माता की तुलना में अधिक पीले होते हैं: मातृ जनन-वंश से गुज़रते हुए एपियुग्मविकल्पी अधूरा ही मिटता है। वॉटरलैंड और जर्टल (2003) ने गर्भवती माताओं को मेथिल-दाताओं (फ़ोलेट, विटामिन B12, कोलीन, बीटेन) से समृद्ध आहार खिलाया और पिल्लों के रोम भूरे की ओर खिसका दिए। एक पीढ़ी के परिवेश ने ऐसा चिह्न तय किया जिसे अगली पीढ़ी ने ढोया।