Yang disebut epigenetika adalah kajian tentang perubahan aktivitas gen yang diwariskan tanpa berupa perubahan urutan DNA: keadaan yang diusung oleh metilasi DNA, tanda histon, atau untaian faktor transkripsi yang menopang dirinya sendiri, lalu disalin lewat pembelahan sel. Dua alel yang urutannya identik tetapi keadaan epigenetiknya berbeda dan mantap disebut epialel. Pewarisan lewat mitosis adalah kelaziman dan itulah yang membuat sel terdiferensiasi tetap terdiferensiasi. Pewarisan lewat meiosis, dari tetua ke keturunan, merupakan kekecualian pada mamalia, karena tandanya dihapus dalam dua gelombang pemrograman ulang: di dalam sel nutfah purba, tempat cetakan dan sebagian besar metilasi disapu lalu dipasang kembali menurut jenis kelaminnya, dan sekali lagi di dalam zigot serta embrio dini, tempat genom dari ayah didemetilasi secara aktif oleh TET3 dan genom dari ibu secara pasif, sebelum pola embrio itu sendiri diletakkan oleh DNMT3.
Contoh
Contoh 1.19 (Mencit kuning agouti yang bertahan hidup)
Pada alel sebuah retrotransposon menyisip di hulu gen warna bulu agouti. Di tempat promotor transposon itu tak termetilasi, promotor tersebut memacu agouti terus-menerus di setiap sel; mencitnya kuning, gemuk, dan rawan diabetes. Di tempat promotor itu termetilasi, gennya mengikuti kendali normalnya dan mencitnya cokelat (“pseudoagouti”). Saudara seperindukan yang identik secara genetik terentang di sepanjang seluruh spektrum itu, dan induk kuning beranak kuning lebih banyak daripada induk cokelat: epialelnya terhapus secara tidak tuntas lewat garis nutfah ibu. Waterland dan Jirtle (2003) memberi induk yang bunting pakan kaya pendonor metil (folat, vitamin B12, kolina, betaina) dan menggeser bulu anaknya ke arah cokelat. Lingkungan satu generasi telah memasang tanda yang diusung generasi berikutnya.