उत्परिवर्तन, अर्ध-जाति, अपवाह और विस्थापन क्या है?

RNA-निर्भर पॉलीमरेज़ों और प्रतिलोम अनुलेखकों में कोई शुद्धि-पाठन नहीं होता, और RNA विषाणु प्रति न्यूक्लियोटाइड प्रति प्रतिकृति $10^{-4}$ से $10^{-6}$ की दर से उत्परिवर्तित होते हैं — अपने परपोषियों की दर से हज़ार से दस लाख गुना — इसलिए किसी RNA विषाणु की समष्टि संबंधित जीनोमों का एक बादल है, यानी कोई अर्ध-जाति, जिसमें समष्टि बड़ी हो तो हर एक बिंदु उत्परिवर्ती हर समय मौजूद रहता है। प्रतिरक्षियों द्वारा चयन प्रतिजनी अपवाह चलाता है: इन्फ़्लुएंज़ा के पृष्ठ-प्रोटीन साल-दर-साल प्रतिस्थापन जमा करते हैं, और पिछले वर्ष की प्रतिरक्षा हर मौसम में कम रक्षा करती है। प्रतिजनी विस्थापन एक छलाँग है: कोई खंडित जीनोम (इन्फ़्लुएंज़ा में आठ RNA खंड हैं) तब पुनर्मिश्रित हो सकता है जब दो प्रजातियाँ एक ही कोशिका को संक्रमित करें, और किसी पक्षी या सूअर विषाणु का हीमैग्लुटिनिन कूटबद्ध करता कोई खंड, जिसके प्रति किसी मनुष्य में प्रतिरक्षा न हो, कोई महामारी पैदा कर देता है — 1918, 1957, 1968, 2009। किसी जीनोम के भीतर पुनर्संयोजन अखंडित विषाणुओं के लिए वही करता है, और कोरोना विषाणु स्वच्छंद पुनर्संयोजन करते हैं। अधिकांश नए मानव विषाणु प्राणिजन्य हैं, जो किसी पशु-भंडार से पार आते हैं — कोरोना विषाणुओं, इबोला और रेबीज़ के लिए चमगादड़; इन्फ़्लुएंज़ा के लिए पक्षी और सूअर; HIV के लिए नरवानर — और यह पार आना प्रायः किसी ग्राही-बंधक प्रोटीन के कुछ उत्परिवर्तनों की ही बात होती है।