कोई प्रकार II प्रतिबंधन एंज़ाइम ऐसी जीवाणु एंडोन्यूक्लिएज़ है जो द्विलड़ी DNA को क्षार युग्मों के किसी विशिष्ट अनुक्रम पर काटती है, जो प्रायः कोई तालमेलक होता है: EcoRI GAATTC काटती है और चार-क्षार की एकलड़ी अधिलंब (चिपचिपे सिरे) छोड़ती है, जो किसी भी दूसरे EcoRI सिरे के पूरक हैं; दूसरी एंज़ाइम भोथरे सिरे छोड़ती हैं। DNA लाइगेज़ ऐसे दो खंड जोड़ देती है जिनके सिरे आपस में बैठते हों। कोई संवाहक ऐसा DNA अणु है जो किसी परपोषी में प्रतिकृत होता है और कोई अंतर्वेशित खंड ढो सकता है: कुछ किलोक्षारों का कोई प्लाज़्मिड, जिसमें प्रतिकृति का उद्गम, कोई वरणीय चिह्नक (कोई प्रतिजैविक-प्रतिरोध जीन, ताकि प्रतिजैविक पर केवल वही कोशिकाएँ उगें जिन्होंने प्लाज़्मिड लिया) और अंतर्वेशन के लिए अनन्य प्रतिबंधन स्थलों का एक गुच्छा हो; जीवाणुभोजी , कॉस्मिड, और के अंतर्वेशनों के लिए जीवाणु अथवा खमीर के कृत्रिम गुणसूत्र। DNA किसी जीवाणु में रूपांतरण से घुसता है, किसी ऐसे रासायनिक या वैद्युत आघात के बाद जो झिल्ली को क्षण भर के लिए पारगम्य बना देता है, और दक्षता प्रति माइक्रोग्राम प्लाज़्मिड से रूपांतरित कोशिकाएँ होती है। कोई पुनर्योगज अणु वह है जो दो स्रोतों का DNA जोड़ता है।
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