全部书籍

专业

应用 关于 Coach 登录 开始阅读

书籍暂未推出简体中文版——当前显示 Bahasa Indonesia 版。

Biologi · 术语表

什么是 Motif dan kandungan informasi?

Definisi 5.12 Biologi Universitas — Tahun 3 · 第 5 章 — Bioinformatika dan Analisis Urutan

Sebuah motif adalah pola pendek — sebuah tapak faktor transkripsi, sebuah isyarat sambung, sebuah tapak fosforilasi — yang diwakili sebuah matriks bobot posisi berisi frekuensi fi(b)f_{i}(b) tiap basa atau residu bb pada tiap kedudukan ii. Kandungan informasi kedudukan ii adalah Ri=2−HiR_{i} = 2 - H_{i} bit bagi DNA, dengan Hi=−∑bfi(b)log⁡2fi(b)H_{i} = -\sum_{b} f_{i}(b)\log_{2} f_{i}(b) entropinya: 22 bit bagi basa yang tetap, 00 bagi kedudukan yang keempat basanya sama mungkin. Totalnya R=∑iRiR = \sum_{i} R_{i} digambarkan sebagai logo urutan, tiap kedudukan berupa tumpukan huruf yang tinggi totalnya RiR_{i} dan hurufnya diukur menurut frekuensinya.

Sebuah logo urutan bagi motif promotor mirip kotak TATA. Tinggi tiap tumpukannya adalah kandungan informasi kedudukan itu, 2 - H_i bit; keempat kedudukan pertamanya nyaris tetap dan mengusung sebagian besar dari kira-kira 12 bit motifnya.
Sebuah logo urutan bagi motif promotor mirip kotak TATA. Tinggi tiap tumpukannya adalah kandungan informasi kedudukan itu, 2−Hi2 - H_{i} bit; keempat kedudukan pertamanya nyaris tetap dan mengusung sebagian besar dari kira-kira 1212 bit motifnya.

示例

Contoh 5.14 (Harapan cacah kecocokan kebetulan)

Sebuah tapak restriksi berbasa tetap enam memiliki R=12R = 12 bit dan cocok dengan kedudukan acak dengan peluang 4−6=2−124^{-6} = 2^{-12}: kira-kira 11001100 kali di dalam genom E. coli 4.6 Mb4.6\,\mathrm{Mb} yang dibaca pada kedua untainya (tapaknya palindromik, jadi sekali tiap kedudukan), dan 7×1057\times 10^{5} kali di dalam genom manusia. Sebuah faktor eukariot yang motifnya mengusung 1010 bit cocok dengan 3×109×2−10≈33\times 10^{9}\times 2^{-10} \approx 3 juta kedudukan di dalam genom manusia, beberapa ribu kali lebih banyak daripada gen yang diaturnya. Sebuah motif sendirian adalah peramal yang lemah di dalam genom yang besar; keadaan kromatinnya, motif tetangganya, dan kelestarian tapaknya antarspesies itulah yang membuat sebuah ramalan.

在原文中阅读 →