PelatihPengurutan Sanger menyalin cetakan beruntai tunggal mulai dari sebuah primer dengan DNA polimerase, dengan kehadiran keempat nukleotida normal dan sedikit dideoksinukleotida, yang tidak memiliki hidroksil 3 sehingga menghentikan rantainya di mana pun ia disisipkan. Tiap dideoksinukleotida mengusung zat warna berpendar yang berbeda. Hasilnya berupa campuran fragmen, satu fragmen bagi tiap kedudukan cetakannya, yang masing-masing berakhir pada basa yang jati dirinya diketahui; setelah dipisahkan menurut ukurannya di dalam kapiler gel, fragmen itu melewati detektor berurutan menurut panjangnya, dan deretan warnanya adalah urutan cetakannya. Sekali jalan terbaca dengan laju galat di bawah ; cara ini tetap dipakai untuk memastikan sebuah konstruk atau satu gen.
