सैंगर अनुक्रमण किसी एकलड़ी साँचे की नकल किसी प्रारंभक से DNA पॉलीमरेज़ द्वारा चारों सामान्य न्यूक्लियोटाइडों और डाइडिऑक्सीन्यूक्लियोटाइडों के एक छोटे अनुपात की उपस्थिति में करता है, और इन डाइडिऑक्सी रूपों में 3 हाइड्रॉक्सिल नहीं होता, इसलिए वे जहाँ भी बैठते हैं शृंखला समाप्त कर देते हैं। हर डाइडिऑक्सीन्यूक्लियोटाइड एक भिन्न प्रतिदीप्त रंजक ढोता है। उत्पाद खंडों का ऐसा मिश्रण है जिसमें साँचे की हर स्थिति के लिए एक खंड है और हर एक का अंत ज्ञात पहचान वाले क्षार पर होता है; जेल की किसी केशिका में आकार से पृथक होकर वे लंबाई के क्रम में किसी संसूचक के आगे से गुज़रते हैं, और रंगों का क्रम ही साँचे का अनुक्रम है। एक बारी में से कम त्रुटि-दर पर पढ़े जाते हैं; किसी संरचना या किसी एक जीन की पुष्टि के लिए यही विधि बनी हुई है।