Le séquençage de Sanger recopie une matrice simple brin à partir d’une amorce, avec une ADN polymérase, en présence des quatre nucléotides normaux et d’une petite proportion de didésoxynucléotides, dépourvus de l’hydroxyle 3 et qui terminent donc la chaîne partout où ils sont incorporés. Chaque didésoxynucléotide porte un fluorophore différent. Le produit est un mélange de fragments, un pour chaque position de la matrice, se terminant chacun par une base d’identité connue ; séparés par la taille dans un capillaire de gel, ils passent devant un détecteur par ordre de longueur, et la suite des couleurs est la séquence de la matrice. Une course lit avec un taux d’erreur inférieur à ; elle reste la méthode pour vérifier une construction ou un gène isolé.