La secuenciación de Sanger copia un molde de hebra sencilla a partir de un cebador con ADN-polimerasa en presencia de los cuatro nucleótidos normales y de una pequeña proporción de didesoxinucleótidos, que carecen del hidroxilo 3 y terminan por tanto la cadena allí donde se incorporan. Cada didesoxinucleótido lleva un fluoróforo distinto. El producto es una mezcla de fragmentos, uno por cada posición del molde, y cada uno acaba en una base de identidad conocida; separados por tamaño en un capilar de gel, pasan por un detector en orden de longitud, y la secuencia de colores es la secuencia del molde. Una carrera lee con una tasa de error por debajo de ; sigue siendo el método para verificar una construcción o un solo gen.