O sequenciamento de Sanger copia um molde de fita simples a partir de um iniciador com DNA-polimerase, na presença dos quatro nucleotídeos normais e de uma pequena proporção de didesoxinucleotídeos, que não têm a hidroxila 3 e por isso terminam a cadeia onde quer que sejam incorporados. Cada didesoxinucleotídeo carrega um corante fluorescente diferente. O produto é uma mistura de fragmentos, um para cada posição do molde, cada um terminando numa base de identidade conhecida; separados por tamanho num capilar de gel, eles passam por um detector em ordem de comprimento, e a sequência de cores é a sequência do molde. Uma corrida lê com taxa de erro abaixo de ; continua sendo o método para verificar uma construção ou um gene isolado.