Sebuah sel prokariot (bakteri, arkea) tidak berinti: DNA-nya, biasanya satu kromosom melingkar, terletak dalam kawasan sitoplasma yang disebut nukleoid, dan ia tidak memiliki ruang berbatas membran. Ia kecil () dan dibatasi sebuah membran plasma serta, di luarnya, sebuah dinding sel. Sebuah sel eukariot (protista, jamur, tumbuhan, hewan) menyimpan DNA-nya, berupa beberapa kromosom lurus, di dalam sebuah inti yang dibatasi membran rangkap, dan membagi sitoplasmanya menjadi organel berbatas membran (Bab 6). Ia lebih besar () dan memiliki rangka dalam berupa filamen protein.
Contoh
Contoh 5.7 (Mengapa sel eukariot terbagi menjadi ruang)
Sebuah sel bervolume seribu kali volume sebuah bakteri tetapi hanya berpermukaan membran seratus kali (Proposisi 1.6). Membran adalah tempat sebuah sel membawa rantai pengubah energi dan sistem pengangkutnya; eukariot mendapatkan kembali permukaannya dengan melipat membran di dalam dirinya — membran dalam sebuah mitokondria, lembaran retikulum endoplasma — dan memperoleh, di samping itu, bilik terpisah tempat kimia yang tak sejalan (pencernaan di dalam lisosom, sintesis di dalam sitosol) dapat berjalan berdampingan.
Contoh 5.11 (Sebuah bakteri dan sebuah mitokondria)
Di bawah mikroskop cahaya pada , sebuah sel E. coli adalah batang sepanjang pada skala retina, tanpa bagian dalam yang tampak; sebuah mitokondria adalah titik pada batas daya pisahnya. Pada sayatan TEM bakteri yang sama memperlihatkan kedua membrannya, dindingnya, nukleoidnya sebagai kawasan berserabut yang pucat dan ribosomnya sebagai butir gelap; mitokondrianya memperlihatkan membran rangkapnya dan lipatan membran dalamnya. Keduanya tidak hidup.