Sebuah organisme transgenik mengusung gen yang dimasukkan ke dalam garis nutfahnya, sehingga tiap selnya memilikinya dan gen itu diwariskan. Pada mencit rute klasiknya adalah mikroinjeksi DNA-nya ke dalam salah satu pronukleus telur yang telah dibuahi (Gordon dan Ruddle, 1980), yang terpadu pada tapak acak di dalam sebagian embrionya; Palmiter dan Brinster (1982) membuat mencit berukuran dua kali normal dengan menyuntikkan gen hormon pertumbuhan tikus di belakang promotor metalotionein. Penyasaran gen justru mengganti atau merusak gen pilihan: sebuah konstruk berlengan panjang yang homolog dengan sasarannya dimasukkan ke dalam sel punca embrio, sel langka yang di dalamnya rekombinasi homolog telah menaruhnya di tempat yang benar lalu dipilih dan disuntikkan ke dalam sebuah blastosista, dan mencit kimeris yang dihasilkannya meneruskan gen yang telah diubah itu (Capecchi, Smithies, dan Evans, dasawarsa 1980-an). Sebuah penidakaktifan kehilangan gennya; sebuah penyisipan mengusung versi yang telah diubah; sebuah alel bersyarat, yang diapit tapak loxP, dihapus hanya di tempat dan pada waktu Cre diekspresikan (Bab 3). Sekitar sepuluh ribu gen mencit telah dinonaktifkan, dan bagi sebagian besarnya fenotipenya menjadi petunjuk pertama tentang apa yang dikerjakan gen itu.