Un organisme transgénique porte un gène introduit dans sa lignée germinale, de sorte que toutes ses cellules l’ont et qu’il est hérité. Chez la souris la voie classique est la microinjection de l’ADN dans un pronucléus d’un œuf fécondé (Gordon et Ruddle, 1980), qui l’intègre en un site au hasard chez une fraction des embryons ; Palmiter et Brinster (1982) ont obtenu des souris de taille double en injectant le gène de l’hormone de croissance de rat derrière un promoteur de métallothionéine. Le ciblage de gènes remplace ou interrompt plutôt un gène choisi : une construction munie de longs bras homologues de la cible est introduite dans des cellules souches embryonnaires, les rares cellules où la recombinaison homologue l’a mise au bon endroit sont sélectionnées et injectées dans un blastocyste, et la souris chimère qui en résulte transmet le gène modifié (Capecchi, Smithies et Evans, années 1980). Un knock-out n’a plus le gène ; un knock-in en porte une version modifiée ; un allèle conditionnel, encadré de sites loxP, n’est supprimé que là et quand Cre est exprimée (Chapitre 3). Une dizaine de milliers de gènes de souris ont été invalidés, et pour la plupart le phénotype a été le premier indice de ce que fait le gène.