Un organismo transgénico lleva un gen introducido en su línea germinal, de modo que todas sus células lo tienen y se hereda. En los ratones la vía clásica es la microinyección del ADN en uno de los pronúcleos de un huevo fecundado (Gordon y Ruddle, 1980), que se integra en un sitio al azar en una fracción de los embriones; Palmiter y Brinster (1982) hicieron ratones del doble del tamaño normal inyectando el gen de la hormona del crecimiento de rata detrás de un promotor de metalotioneína. El direccionamiento génico sustituye o interrumpe en cambio un gen elegido: se introduce en células madre embrionarias una construcción con brazos largos homólogos de la diana, se seleccionan las raras células en las que la recombinación homóloga la ha colocado en el lugar correcto y se inyectan en un blastocisto, y el ratón quimérico resultante transmite el gen alterado (Capecchi, Smithies y Evans, en los años ochenta). Una supresión génica carece del gen; una inserción dirigida lleva una versión modificada; y un alelo condicional, flanqueado por sitios loxP, solo se suprime donde y cuando se expresa la Cre (Capítulo 3). Se han suprimido unos diez mil genes de ratón, y para la mayoría el fenotipo fue la primera indicación de lo que hace el gen.