CoachEen motief is een kort patroon — een bindingsplaats voor een transcriptiefactor, een splitssignaal, een fosforyleringsplaats — weergegeven door een positiegewichtsmatrix van de frequentie van elke base of elk residu op elke positie . De informatie-inhoud van positie is bits voor DNA, waarbij haar entropie is: bits voor een onveranderlijke base, voor een positie waar alle vier even waarschijnlijk zijn. Het totaal wordt getekend als een sequentielogo, waarbij elke positie een stapel letters is waarvan de totale hoogte is en waarvan de letters op frequentie zijn geschaald.
উদাহরণ
Voorbeeld 5.14 (Verwachte toevallige treffers)
Een restrictieplaats van zes vaste basen heeft bits en past op een willekeurige positie met kans : ongeveer keer in een genoom van E. coli van op beide strengen gelezen (de plaats is palindroom, dus één keer per positie), en keer in het menselijk genoom. Een eukaryote factor waarvan het motief bits draagt past op miljoen posities in het menselijk genoom, enkele duizenden keren meer dan de genen die zij reguleert. Een motief alleen is een zwakke voorspeller in een groot genoom; de toestand van het chromatine, de naburige motieven en de conservering van de plaats tussen soorten maken pas een voorspelling.