Uma fermentação não usa aceptor externo: o substrato orgânico é quebrado num produto mais oxidado e num mais reduzido, o ATP é produzido apenas por fosforilação em nível de substrato, e o NADH da glicólise é reoxidado pela redução de um metabólito. As leveduras produzem etanol e ; as bactérias lácticas produzem lactato (iogurte, chucrute, músculos doloridos); E. coli produz uma mistura de ácidos, etanol e gases; os clostrídios produzem butirato, butanol e acetona; as propionibactérias produzem o propionato e o do queijo suíço. O rendimento é de dois ATP por glicose contra cerca de trinta na respiração, de modo que um fermentador precisa processar quinze vezes mais açúcar para o mesmo crescimento, e seus produtos — ácidos, álcool — envenenam seu próprio meio: as fermentações conservam os alimentos porque o fermentador torna o alimento inabitável, inclusive para si mesmo.
Exemplos
Exemplo 2.8 (Sintrofia: viver das sobras)
Num sedimento anóxico, os fermentadores deixam para trás acetato, propionato, butirato e . Oxidar o propionato a acetato e tem uma energia livre padrão positiva () e é impossível — a menos que um metanogênico vizinho consuma o hidrogênio tão depressa quanto ele se forma, mantendo sua pressão parcial abaixo de , valor em que a reação se torna exergônica. Nenhum dos parceiros consegue crescer sozinho em propionato; juntos, eles o transformam em metano. Essa transferência interespecífica de hidrogênio explica por que a digestão anaeróbia é sempre obra de um consórcio, e por que a arqueia e sua parceira bacteriana são frequentemente encontradas encostadas uma na outra.