Um cílio ou flagelo eucarionte é uma extensão recoberta de membrana construída sobre o axonema: nove microtúbulos duplos em anel em torno de um par central, mantidos por ligações de nexina e raios radiais, e crescidos a partir de um corpúsculo basal, um centríolo modificado. As dineínas axonemais presas a cada duplo caminham ao longo do duplo vizinho rumo à extremidade menos dele, na base; como os duplos estão amarrados uns aos outros, eles não podem deslizar livremente, e o deslizamento é convertido em dobramento, propagado ao longo do axonema como uma onda pela alternância das dineínas ativas de um lado do anel para o outro. Um cílio tem de de comprimento e bate de vezes por segundo; um flagelo de espermatozoide tem e ondula. As proteínas de um cílio são levadas do corpo celular para cima pela cinesina-2 e de volta pela dineína-2 ao longo dos duplos — o transporte intraflagelar —, que é também como se constrói um cílio primário não móvel, presente, um por célula, na maioria das células de vertebrado; esse cílio é uma antena sensorial, que abriga receptores para a luz (o segmento externo do bastonete), odores, fluxo e sinais do desenvolvimento, e cujos defeitos causam as ciliopatias: rins policísticos, degeneração da retina, obesidade, dedos extras.