Un cilio o flagelo eucariota es una prolongación cubierta de membrana construida sobre el axonema: nueve microtúbulos dobletes en anillo alrededor de un par central, sujetos por enlaces de nexina y radios, y crecidos a partir de un cuerpo basal, un centríolo modificado. Las dineínas axonémicas unidas a cada doblete caminan sobre el doblete vecino hacia su extremo menos, en la base; como los dobletes están atados entre sí no pueden deslizarse libremente, y el deslizamiento se convierte en flexión, que se propaga a lo largo del axonema como una onda al pasar las dineínas activas de un lado del anillo al otro. Un cilio mide de y bate de veces por segundo; un flagelo de espermatozoide mide y ondula. Las proteínas de un cilio las suben desde el cuerpo celular la cinesina-2 y las bajan la dineína-2 a lo largo de los dobletes, el transporte intraflagelar, que es también como se construye un cilio primario no móvil — presente, uno por célula, en la mayoría de las células de vertebrado —; ese cilio es una antena sensorial que aloja receptores de la luz (el segmento externo de los bastones), de los olores, del flujo y de señales del desarrollo, y sus defectos causan las ciliopatías: riñones poliquísticos, degeneración retiniana, obesidad, dedos supernumerarios.