CoachUma filogenia é uma árvore cujas pontas são as espécies (ou os genes, ou os indivíduos) comparadas, cujos nós internos são seus ancestrais comuns e cuja raiz é o ancestral mais antigo de todos. Só a ordem das ramificações carrega a história: os nós podem ser girados livremente, e só o encaixe importa. Um clado ou grupo monofilético é um ancestral com todos os seus descendentes (as aves; os mamíferos; aves e crocodilos juntos); um grupo parafilético é um ancestral com alguns descendentes deixados de fora (os “répteis” sem as aves, os “peixes” sem os tetrápodes, os “procariontes”); um grupo polifilético reúne descendentes de ancestrais diferentes por uma semelhança que eles adquiriram separadamente (os “animais de sangue quente”). Um caráter compartilhado por duas espécies porque seu ancestral o possuía é uma homologia (os ossos da asa do morcego e da nadadeira da baleia); um caráter que elas adquiriram independentemente é uma analogia ou homoplasia (as asas dos morcegos e das aves enquanto asas, os olhos em câmara dos vertebrados e dos polvos). Só as homologias registram a história e, entre elas, só os estados derivados compartilhados por um grupo — suas sinapomorfias, na palavra de Hennig — definem um clado: as penas definem as aves, e o estado ancestral “sem penas” não define nada.
