المدربتقرأ أجهزة الجيل الثاني ملايين إلى مليارات القطع دفعةً واحدة. ففي التسلسل بالتركيب تُربط القطع، وقد وُصلت بها مهايئات عند نهاياتها، بخلية تدفق زجاجية وتُضخَّم في موضعها عناقيدَ من جزيئات متطابقة؛ ثم تُستطال العناقيد قاعدةً واحدة في كل دورة بنوكليوتيدات متألقة محجوبة حجبًا عكوسًا، وتُصوَّر، ويُرفع الحجب، وتُستطال مجددًا، فتضيف كل دورة قاعدةً إلى قراءة كل عنقود. وطول القراءات ، وتؤخذ عادةً من طرفي القطعة (نهايتان مزدوجتان)، بمعدل خطأ نحو لكل قاعدة، ويعطي الشوط الواحد ما يصل إلى قاعدة. أما أجهزة الجيل الثالث ذات القراءات الطويلة فتقرأ جزيئات مفردة بلا تضخيم: إما بمراقبة بوليميراز واحد وهو يدخل نوكليوتيدات متألقة في الزمن الحقيقي، وإما بتمرير DNA عبر مسام نانوي بروتيني وتسجيل التيار الأيوني الذي يعدّله كل تسلسل من القواعد على نحوه الخاص. والقراءات بطول وأكثر تعبر التكرارات التي تعجز عنها القراءات القصيرة، بمعدل خطأ خام أعلى يخفضه التوافق.
أمثلة
مثال 4.4 (كم يكفي)
عند تكون النسبة غير المسلسلة — أي في جينوم قدره ، عشرون مليون قاعدة في عشرات الآلاف من الفجوات. وعند تصير ، أي جملةً. وتُسلسل الجينومات البشرية عادةً عند لا بسبب فجوات التغطية () بل لأن كل قاعدة يجب أن تُقرأ مرات عدة على كل من الصبغيين لتُستدعى بثقة متغايرة اللواقح في مواجهة معدل خطأ قدره لكل قراءة. وتُسلسل الجينومات البكتيرية عند – للسبب نفسه ولأن ذلك رخيص. وتبيّن الصيغة أيضًا ما لا تصلحه التغطية: فالتكرار الأطول من القراءة موضعٌ يتفرع عنده بيان التداخل، ولا يحله أي قدر من القراءات القصيرة. ولهذا وُجدت القراءات الطويلة.