¿Qué es Secuenciación masiva en paralelo?

Los instrumentos de segunda generación leen de millones a miles de millones de fragmentos a la vez. En la secuenciación por síntesis los fragmentos, con adaptadores ligados a sus extremos, se fijan a una celda de flujo de vidrio y se amplifican in situ en agrupaciones de moléculas idénticas; las agrupaciones se alargan luego una base por ciclo con nucleótidos fluorescentes y bloqueados de forma reversible, se fotografían, se desbloquean y se vuelven a alargar, de modo que cada ciclo añade una base a la lectura de cada agrupación. Las lecturas son de $100\text{ a }300\,\mathrm{bp}$, casi siempre desde los dos extremos de un fragmento (extremos emparejados), con una tasa de error de unos $10^{-3}$ por base, y una carrera rinde hasta $10^{12}$ bases. Los instrumentos de tercera generación, de lectura larga, leen moléculas sueltas sin amplificación: observando cómo una polimerasa incorpora nucleótidos fluorescentes en tiempo real, o haciendo pasar el ADN por un nanoporo proteico y registrando la corriente iónica, que cada secuencia de bases modula a su manera. Las lecturas de $10\text{ a }100\,\mathrm{kb}$ y más abarcan las repeticiones que las lecturas cortas no pueden, con una tasa bruta de error mayor que el consenso reduce.