সব বই

1 Primary & Middle School Mathematicsশ্রেণি 1–9 অনলাইন 2 High School Mathematicsশ্রেণি 10–12 অনলাইন 3 University Mathematics — Year 1স্নাতক প্রথম বর্ষ অনলাইন 4 University Mathematics — Year 2স্নাতক দ্বিতীয় বর্ষ অনলাইন 5 University Mathematics — Year 3স্নাতক তৃতীয় বর্ষ অনলাইন

1 Primary & Middle School Physicsশ্রেণি 1–9 অনলাইন 2 High School Physicsশ্রেণি 10–12 অনলাইন 3 University Physics — Year 1স্নাতক প্রথম বর্ষ অনলাইন 4 University Physics — Year 2স্নাতক দ্বিতীয় বর্ষ অনলাইন 5 University Physics — Year 3স্নাতক তৃতীয় বর্ষ অনলাইন

1 School Chemistry — Grades 1 to 12শ্রেণি 1–12 অনলাইন 2 University Chemistry — Year 1স্নাতক প্রথম বর্ষ অনলাইন 3 University Chemistry — Year 2স্নাতক দ্বিতীয় বর্ষ অনলাইন 4 University Chemistry — Year 3স্নাতক তৃতীয় বর্ষ অনলাইন

1 Primary & Middle School Biologyশ্রেণি 1–9 অনলাইন 2 High School Biologyশ্রেণি 10–12 অনলাইন 3 University Biology — Year 1স্নাতক প্রথম বর্ষ অনলাইন 4 University Biology — Year 2স্নাতক দ্বিতীয় বর্ষ অনলাইন 5 University Biology — Year 3স্নাতক তৃতীয় বর্ষ অনলাইন

1 Primary & Middle School Earth and Space Sciencesশ্রেণি 1–9 অনলাইন 2 High School Earth and Space Sciencesশ্রেণি 10–12 অনলাইন 3 University Earth and Space Sciences — Year 1স্নাতক প্রথম বর্ষ অনলাইন 4 University Earth and Space Sciences — Year 2স্নাতক দ্বিতীয় বর্ষ অনলাইন 5 University Earth and Space Sciences — Year 3স্নাতক তৃতীয় বর্ষ অনলাইন

1 Markets I: The Ecosystem and Exchange-Traded Marketsবাজার অনলাইন 2 Markets II: Rates, FX and Creditবাজার অনলাইন 3 Markets III: Commodities, Energy and Cryptoবাজার অনলাইন 4 Quantitative Methodsপদ্ধতি অনলাইন 5 Derivatives and Volatilityডেরিভেটিভস অনলাইন 6 Rates, Credit, XVA and Riskসুদহার, ঋণ ও ঝুঁকি অনলাইন 7 Research Craft: Predictors, Backtests, Measurement, Portfoliosগবেষণা অনলাইন 8 Strategies I: Equities and Futuresকৌশল অনলাইন 9 Strategies II: Volatility, Relative Value, Macro and the Bank Desksকৌশল অনলাইন 10 Microstructure and Executionএক্সিকিউশন অনলাইন 11 Market Making and High-Frequency Tradingমার্কেট মেকিং অনলাইন 12 Machine Learning for Marketsমেশিন লার্নিং অনলাইন 13 Low-Latency Softwareপ্রযুক্তি অনলাইন 14 Networks, Hardware and Trading Infrastructureপ্রযুক্তি অনলাইন 15 Research, Data and Risk Platformsপ্রযুক্তি অনলাইন 16 The Desk and the Firmপ্রতিষ্ঠান অনলাইন 17 The Industry: Firms, Roles and Careersক্যারিয়ার অনলাইন 18 Interviews I: Maths, Probability and Speedক্যারিয়ার অনলাইন 19 Interviews II: Markets, Trading Games and the Final Roundক্যারিয়ার অনলাইন 20 Interviews III: Codeক্যারিয়ার অনলাইন

সব গেম Math Fuse Word Reactor Atlas Dash

অ্যাপ পরিচিতি

Coach

English Français Español Nederlands Português हिन्दी العربية Bahasa Indonesia 简体中文 বাংলা

সাইন ইন পড়া শুরু করো

বইগুলো এখনো বাংলা ভাষায় পাওয়া যায় না — ইংরেজি সংস্করণ দেখানো হচ্ছে।

Biology · পরিভাষা

Motifs and information content কী?

Definition 5.12 University Biology — Year 3 · অধ্যায় 5 — Bioinformatics and Sequence Analysis

A motif is a short pattern — a transcription-factor site, a splice signal, a phosphorylation site — represented by a position weight matrix of the frequency $f_{i}(b)$ of each base or residue $b$ at each position $i$ . The information content of position $i$ is $R_{i} = 2 - H_{i}$ bits for DNA, where $H_{i} = -\sum_{b} f_{i}(b)\log_{2} f_{i}(b)$ is its entropy: $2$ bits for an invariant base, $0$ for a position where all four are equally likely. The total $R = \sum_{i} R_{i}$ is drawn as a sequence logo, each position a stack of letters whose total height is $R_{i}$ and whose letters are sized by frequency.

A sequence logo of a TATA-box-like promoter motif. The height of each stack is the information content of that position,

2 - H_{i}

bits; the first four positions are nearly invariant and carry most of the motif’s

12

bits or so.

উদাহরণ

Example 5.14 (Expected chance matches)

A restriction site of six fixed bases has $R = 12$ bits and matches a random position with probability $4^{-6} = 2^{-12}$ : about $1100$ times in an E. coli genome of $4.6\,\mathrm{Mb}$ read on both strands (the site is palindromic, so once per position), and $7\times 10^{5}$ times in the human genome. A eukaryotic factor whose motif carries $10$ bits matches $3\times 10^{9}\times 2^{-10} \approx 3$ million positions in the human genome, several thousand times more than the genes it regulates. A motif alone is a weak predictor in a large genome; the chromatin state, the neighbouring motifs and the conservation of the site across species are what make a prediction.

প্রসঙ্গসহ পড়ো →