Dos órganos de dos especies son homólogos cuando tienen la misma estructura y la misma posición en el plan de organización — construidos con las mismas piezas en las mismas relaciones —, sea cual sea su función actual. Los miembros anteriores de los tetrápodos son el ejemplo de referencia: un hueso (el húmero), dos huesos (el radio y el cúbito), un racimo de huesos de la muñeca y después los dedos. Los órganos que cumplen la misma función con una estructura distinta — el ala de un ave y el ala de una mosca — son solo análogos, y no dicen nada sobre parentesco.